1909年起，美國將所攤浮溢部分本利退回，充作留美學習基金，到1924年6月退回余款本利1250余萬美元，作為中國教育文化基金。1917年12月起，大部庚款緩付5年，德奧部分因戰敗取消，和俄國緩付部分，都撥作國內公債基金。1924年5月底蘇聯政府聲明放棄俄國部分庚款，於清償所擔保債務後，完全充作提倡中國教育款項。1925年法、日、英、比、意、荷等國都先後聲明退回賠款余額，並訂立協議，充作辦理對華教育文化事業，或充作外國銀行營業費用和發行內債基金之用。這種退回庚款的實際使用，大都由中外合組的管理委員會主持。1911年初，利用庚款而專門為培養赴美留學生的清華留美預備學校正式成立。在清亡以後繼續利用庚子賠款選拔留學生。1924年，美國國會通過決議，將其余的庚子賠款用於中國，成立“中國文教促進基金會”（或稱“中國基金會”），掌管的金額為1254·5萬美金，北洋政府任命了由10名 中國人和5名美國人組成的托管董事會。其中的相當部分金額以獎學金的方式提供給清華大學。1949年掌管“清華基金”的傑出教育家梅貽琦先生到臺灣後，又利用這筆款項創辦了新竹清華大學。
作為奴化思想的壹部分，退款興學給中國人灌輸西方思想。如胡適，就是此次賠款中被培養出的大學生，就發起了新文化運動，可見其效果。
同時，美國壹向喜歡“做壞事、留美名”，美國以賠款過多為由進行退款，目的是為自己留下壹個“美名”。
至於其他國家，各有各的原因。沙俄是因為建立了蘇維埃政府，德奧部分因戰敗取消，1925年法、日、英、比、意、荷等國都先後聲明退回賠款余額。此時國內已經是北洋政府掌權，而這時的國際形勢已經是美國獨占鰲頭，同時也操控著中國的北洋政府，列強也是忌憚美國的實力，在中國的殖民問題上作出讓步。