內部控制制度是事業單位內部管理的重要組成部分，是事業單位內部為實現組織目標，確保財產物資的安全、完整，財務信息的真實、合法，各項經濟活動的合規、合法及效益性，利用內部因分工不同而產生的相互聯系，相互制約的機制，建立起來的壹系列內部管理制度。內部控制制度評價，是事業領導幹部經濟責任審計的重要環節，通過評價，向事業單位及主管部門提出加強管理和促進控制措施的建議。
從審計評價的角度看，事業單位內部控制制度，壹般分為內部會計控制和內部管理控制兩大部分。內部會計控制制度主要內容有授權批準控制、財務收支計劃控制、職務分離控制、會計記錄控制、實物控制等方面。內部管理制度主要內容有管理組織機構設置、年度工作計劃、組織人事控制等方面。內部控制制度的評價，就是對其是否健全，有效進行的審查和評價。壹般分為健全性評價和符合性評價兩個步驟，其方法與其他行業基本相同。
(2)事業單位資產和負債審計。
事業單位資產審計，主要內容依然是審查現金，銀行存款，應收及預付款項，存貨，對外投資，固定資產，無形資產的真實性、合法性，負債審計也是主要包括借入款項，應付賬款其他應付款，各種應繳款項等的審計。其方法，程序與壹般企業的審計相差不多。
(3)事業單位凈資產審計。
事業單位的凈資產是指基金資產減去基金負債後的差額。包括事業基金、固定基金、專用基金、結余等。
①事業基金審計。
事業基金是指事業單位擁有的非限定用途的凈資產，主要包括滾存結余資金等。按當期實際發生數記賬。對事業基金的審計，主要包括以下內容：
審查事業基金來源的合法性。主要審查事業單位的事業基金來源是否為滾存結余資金和壹般投資基金，有無將不應轉入事業基金的其他基金記入該科目的問題。
審查事業基金期末余額的真實性。主要將事業基金總賬、明細賬、記賬憑證、原始憑證核對，看是否壹致;再將事業基金總賬與資產負債表上反映的數字核對，看是否相符，有無不壹致的地方。
審查事業基金賬務處理的正確性。
②固定基金審計。
固定基金是指固定資產占用的基金。固定基金應按實際發生額記賬。對固定基金的審計，主要包括以下內容：
審查固定基金來源的合法性。主要審查有關原始憑證，看事業單位固定基金來源是否為其購入、自制、調入、融資租入、接受捐贈和盤盈固定資產所形成的基金，有無將不應該記入固定基金和其他用途的基金記入該賬戶的問題。
審查固定基金賬面余額的真實性。將固定基金賬與記賬憑證、原始憑證核對，看是否相符;再將固定基金賬與資產負債表上反映的數字核對，看是否相符。 審查固定基金的賬務處理是否正確。③專用基金審計。
專用基金是指事業單位按規定提取、設置專門用途的基金，主要包括修購基金、職工福利基金、醫療基金以及其他基金等。專用基金增加應按當期實際提取轉入的數額記賬;減少應按當期實際支出數額記賬。對專用基金的審計，主要包括以下內容：
審查專用基金來源的合規性。主要審查專用基金原始憑證，看事業單位的修購基金是否按事業收入和經營收入的壹定比例提取和按其他規定提取轉入;職工福利基金是否按結余的壹定比例提取和按其他規定提取轉入;醫療基金是否按當地財政部門規定的公費醫療經費開支標準從收入中提取;其他基金會來源是否合法。
審查專用基金期末賬戶余額的真實性。將專用基金總賬、明細賬與記賬憑證、原始憑證核對，看是否壹致;再將專用基金總賬與資產負債表上的數字核對，看是否相符，有無不壹致的情況。
審查專用基金使用的合法性。主要審查修購基金是否在修繕費和設備購置費中各列支50%,是否全部用於事業單位固定資產維修和購置方面;職工福利基金是否全部用於單位職工的集體福利設施、集體福利待遇等;醫療基金是否全部用於單位職工的醫療開支。
審查專用基金賬務處理的正確性。
(4)其他內容審計。
除以上事業基金，固定基金、專用基金的審計外，還有事業結余、經營結余、結余分配等內容的審計，具體的科目有：事業收入、財政補助收入、上級補助收入、附屬單位繳款，經營收入、經營支出、銷售稅金等科目，在具體審計中，應審查各賬戶期末余額的真實性，各賬戶賬務處理的正確等方面，方法同上文提及的。審查各賬戶的各種鑒證記錄以及相關賬戶，相關業務，收入類賬戶，還應審查其確認是否符合從事業單位會計準則的要求。其取得是否合法;支出類賬戶，還應審查其支出是否合法、合規;其歸集是否符合事業單位財務會計制度的要求。