債券基金主要投資標的為債券，包括國債、企業債、金融債和可轉債等等。當然，對於偏債型基金也持有少量的股票，但壹般不會超過20%。
股票型基金主要投資標的為股票，少量資金會配置短期貨幣工具，以調整倉位和以備人們贖回之用。
二、收益的穩定性不同。
貨幣基金、債券基金和股票基金，這三類基金相對比，收益的穩定性從高到低分別是：貨幣基金-債券基金-股票基金。
股票型基金就不用說了，股票市場的波動性極大，收益極不穩定，首先要看市場行情，其次才是看基金經理的操作能力。
三、風險性不同
這三類基金風險從低到高分別是：貨幣基金-債券基金-股票基金，基金的風險性取決於它自身的投資標的。
顯然，貨幣基金投資的短期貨幣工具風險性最低。其次是債券基金，因為投資標的為債券，到期要還本付息，收益較為穩定。而股票基金隨股票市場波動而波動，風險性極大，隨時都可能出現虧損。
四、收取的相關費用不同。
基金管理費率和托管費率最低的當屬貨幣基金，其次是債券基金，股票基金費用最高，這可能跟基金經理所付出的勞動和資金的變動情況有關。畢竟，貨幣基金和債券型基金的基金經理並不用對市場有敏銳的直覺，也不需要像股票基金經理壹樣每日盯盤和查看資訊。而銀行方面的資金托管也不用像股票基金壹樣經常性進出。
至於申購費用和贖回費用，債券基金和股票基金都存在該項收費，而貨幣基金不存在該項收費，但是有銷售服務費這壹項，通常為每年0.25%（《貨幣市場基金管理暫行規定》裏規定最高費率為每年0.25%，然而絕大部分貨幣基金都以最高費率收取）。