1999年4月，按照市政府相關決議，公司開始籌建，8月6日，正式獲得工商營業執照。
2000年6月，公司首次與高校-上海交大合作，組建交大創投（現改名為慧立創投），積極探索高校科技資源與風險投資結合的市場化模式。
2000年10月，與復旦大學合作，***同出資成立復旦創業投資有限公司。
2000年10月，與高科技園區合作，成立張江創投，開始探索與高科技園區及社會資本的合作。
2001年8月，受上海市信息化辦公室委托，管理5000萬元上海市軟件產業發展專項資金。
2001年10月，受上海市信息委的委托，上海創投管理市信息技術創新基金，同時，信息創投與該基金建立1：1的配投關系。
2001年10月，與上海漕河涇新興技術開發區合作，成立漕河涇創投。
2001年10月，與華虹集團、上國投合作組建新鑫投資公司，開始探索與產業資本和金融資本合作，推進創業投資事業的發展。
2001年12月28日，上海創投與交大創投、上海住宅科技投資股份有限公司、交大昂立股份有限公司、上海新徐匯（集團）有限公司***同出資，成立上海交大信息投資有限公司。
2002年10月，公司與美國橡子園合作，成立的橡子園上海孵化器落戶張江，2003年1月20日，周禹鵬副市長和陳五福先生為上海橡子園揭牌。
2003年4月，上海創業投資管理有限公司成立，上海創投直接投資的部分項目委托該管理公司管理。
2003年5月，上海創投與招商銀行建立“投貸聯盟”，對上海創投及其旗下基金投資的優質項目，招商銀行給予優先信貸支持。
2003年12月，與新長寧集團等機構合作，***同出資成立兆豐創投，並委托復旦量子創業投資管理有限公司管理。
2004年，公司接受市政府委托，為上海市科教興市重大產業科技攻關項目的項目篩選和評審展開籌備工作。
2004年8月27日，上海創業投資有限公司在錦江賓館小禮堂隆重召開“積極探索，努力實踐，勇攀創投事業高峰”——公司成立五周年紀念會。上海市發改委領導及各委辦相關處室負責人，上海創投體系各基金、管理公司及部分項目公司老總，“科教興市”重大產業科技攻關項目負責人，以及專家學者***100余人參加了會議。
2005年5月，首批上海市科教興市重大產業科技攻關項目的項目正式簽約，上海創投受市政府委托，作為資金管理機構，為入選的項目提供資金管理和增值服務。
2007年5月和10月，公司分別與張江集團、徐匯國資等合作，成立了張江漢世紀、徐匯領匯2個基金，並分別委托不同的專業團隊管理。
2009年6月24日，常務副市長楊雄到上海創投調研，對上海創投的發展提出新的要求。
2009年8月7日，上海創投在錦江小禮堂舉行10周年慶典，市政府副秘書長蔣卓慶到會作重要講話，市發改委副主任池宏宣讀了中國工程院院長徐匡迪發來的賀信。