該院下設高等教育研究所、基礎教育研究所、心理學研究所、教育評估與開發研究所、院校發展研究所、院校發展研究中心、國際與比較教育研究中心；同時設有國家大學生文化素質教育基地、全國學位與研究生教育發展中心武漢研究基地、《高等教育研究》編輯部、《高等工程教育研究》編輯部和院辦公室。
高等教育研究所
高等教育研究所成立於1980年10月，當時稱為高等教育研究室。1985年6月13日，高等教育研究室擴充改建為高等教育研究所；2000年12月16日教育科學研究院成立後，高等教育研究所為研究院下屬研究所之壹。現有高等教育學碩士學位點和高等教育學博士學位點，高等教育學是湖北省重點學科。 該所主要開展高等教育理論與政策研究，尤以大學文化素質教育、大學教育思想、院校管理與發展研究聞名，在國內有重要影響。現承擔包括全國教育科學“十五”規劃重點課題、教育部新世紀教學改革工程項目課題、全國學位與研究生教育發展中心“十五”重點科研課題、湖北省教育科學重點課題、福特基金會國際合作課題等在內的科研項目20余項。近期確立的重點研究方向為高等教育學學科建設研究、現代大學制度研究、大學文化素質教育研究、研究型大學與世界壹流大學研究、學位與研究生教育研究。 該所開設的碩士研究生課程主要有：高等教育學、高等教育管理學、中外高等教育史、大學德育論、比較高等教育、高等教育改革與發展專題研究、高等教育科學研究方法等；開設的博士研究生課程主要有：高等教育學專題研究、高等教育管理專題研究、大學德育專題研究、教育哲學專題研究等。
院校研究所
院校研究所成立於2003年5月，是湖北省高等學校人文社會科學重點研究基地--院校發展研究中心的核心機構，是中國高等教育學會院校研究分會的會長單位，劉獻君教授任會長。現有教育經濟與管理碩士學位點和教育經濟與管理博士學位點。
本所主要開展中國特色的院校研究理論與方法研究、高等學校戰略規劃與戰略管理研究、院校咨詢研究等方面的研究，尤以院校管理與發展研究聞名，在國內有重要影響。現承擔包括教育部重大攻關項目、國家社會科學基金“十壹五”規劃課題、教育部社科司課題、教育部新世紀教學研究所課題等在內的科研項目10余項。近期著重開展院校研究案例庫建設和院校研究數據庫建設。
本所開設的碩士研究生課程主要有：院校研究概論、高等學校戰略與規劃、教育組織行為研究、教育人力資源管理、教育管理信息系統、教育政策分析、教育法學、教育統計方法等；開設的博士研究生課程主要有：院校研究、教育政策與法律研究專題、教育管理前沿問題研究專題、教育研究方法高級講座等。
現任所長為趙炬明教授，副所長為陳敏教授。
心理學研究所
心理學研究所成立於2000年12月。該所始終堅持教學和科研並重的原則。在人才培養上，重點面向碩士和博士研究生，承擔的主要課程有：教育心理學、心理學原理、管理心理學、大學生心理學和認知心理學等。在科學研究上，承擔和參與了四項國家自然科學基金、國家哲學社會科學基金資助項目，承擔了多項湖北省和學校資助的科研項目。 該所主要的研究方向有：學習、記憶和思維等認知過程的研究，教育心理學，大學生品德心理、大學管理心理等。
教育學研究所
教育學研究所成立於2000年。該所堅持教學和科研並重的原則。在人才培養上，重點培養碩士生和博士生，也面向全校開設公選課程。該所***有5名教師，2名教授，2名副教授，2名講師，除壹名教授外，其余五位教師均在國內知名高校如北京大學、華東師範大學、華中師範大學和華中科技大學獲得博士學位，兩位教師分別在美國和英國訪學壹年。該所現開設的課程主要有：教育學原理、教育社會學、德育原理、中外教育史、課程論、教學論、教師教育、家庭教育學等。在科研方面，該所承擔了全國教育科學規劃“十五”重點課題和科技部“十五”重點課題湖北子項目等多項課題。
院校發展研究中心
華中科技大學院校發展研究中心成立於2000年3月，是湖北省高校人文社會科學重點研究基地。中心主任劉獻君教授為中國高等教育學會院校研究分會會長。中心擁有堅實的學科平臺，專兼結合的高水平教師隊伍，設有院校發展與戰略規劃、學生學習與發展、教師聘任與發展、院校數據系統設計與分析等研究方向。
中心成立以來，經過十多年的建設，取得了顯著成績，引領著我國院校研究的發展方向。中心已出版著作20余部，在CSSCI源刊發表論文200余篇，其中8篇論文被《新華文摘》全文轉載；承擔科研項目30余項，獲省部級以上科研獎勵10余項，獲省部級以上教學成果獎4項；自2003年以來，定期舉辦院校研究學術研討會，單年舉辦國內會議，雙年舉辦國際會議。現已成功舉辦國際會議5次，國內會議8次，國際研討班4次。中心註重建設院校研究案例庫，定期出版院校研究案例輯，為我國院校研究人員提供交流與發表的平臺。中心教師曾受邀為400余所高校做學術報告，提供管理咨詢，幫助40余所高校制定戰略規劃，受到廣泛好評。中心多次派教師到美國、英國、德國、法國、日本、澳大利亞等國訪問交流，聘請多位美國學者為兼職教授，與美國院校研究會合作舉辦國際研討班及培養研究生。2012年10月，中心下屬的中美院校研究國際科研合作中心成立，將與美國院校研究會、加州大學、佛羅裏達州立大學等進行合作，引進院校研究課程，授權翻譯出版著作，進行數據***享。
中心的發展目標是：以推動我國院校研究信息系統建設為重點，深化院校研究的專題研究，探索院校研究理論和方法，培訓院校研究人員；將中心建設成為我國院校研究的人才培養與培訓中心、科學研究中心、管理咨詢服務中心和對外交流中心，提高我國高校管理信息化與科學化水平，為國家高等教育改革提供決策咨詢；將中心建設成為國家級人文社會科學重點基地，並在國際院校研究領域占據重要地位和享有較高聲譽。
國際與比較教育研究中心
國際與比較教育研究中心成立於2000年，是壹個跨所研究中心，該中心國際學術交流活動頻繁：沈紅教授曾赴美國、日本、加拿大、韓國、泰國、越南等6個國家和港、臺2個地區學習或訪問; 別敦榮副教授曾赴美國和法國學習或訪問; 張曉明副教授曾赴日本和加拿大訪問; 陳敏副教授曾赴日本學習或訪問; 周艷副教授曾赴英國學習。 本中心所承擔的比較教育研究課題主要有：學生貸款----亞太地區的國際比較、高等教育學生財政與學生資助的國際比較、多校園大學管理的國際比較、研究型大學的國際比較、高等教育大眾化的世界趨勢、女性參與高等教育的國際比較、高等教育國際化----兩岸三地比較研究、中美大學學術管理比較研究、西方國家高等教育的發展研究、中英教師專業社會化問題研究、私立高校贏利問題的比較研究，美國、英國、法國、德國、日本學位與研究生教育比較研究。
國家大學生文化素質教育基地
大學生文化素質教育基地成立於1997年，1999年經教育部批準，成為國家大學生文化素質教育基地。華中科技大學率先倡導加強大學生文化素質教育，以人文教育和科技教育相融合作為辦學指導思想之壹，經過幾年的探索，已初步形成了覆蓋第壹課堂、第二課堂和社會實踐三個層次、六個方面的文化素質教育體系，即： 1、實施按前三個學期不分專業、系科打通培養的方案，以強化基礎教育和文化素質教育； 2、實行人文社會科學輔修專業制； 3、開設人文社會科學選修課，每年舉行壹次中國語文水平達標考試； 4、舉辦人文講座和自然科學講座，每年出版壹卷《中國大學人文啟示錄》； 5、開展形式多樣、內容高雅健康的校園文化、科技、藝術活動； 6、開展社會實踐活動，並納入課程體系。基地設有學術委員會、《中國語文》水於達標測試工作室、《中國大學人文啟示錄》編輯部等機構。
院校發展研究基地
華中科技大學院校發展研究基地是湖北省文科重點建設基地、學校文科重點建設基地，是學院的重點發展方向之壹。 院校發展研究基地的建設目標是：建設成為我國院校管理與發展研究方面的科學研究中心、人才培養中心、信息資料中心和對外交流中心，使中心整體科研水平和參與國家高教改革重大決策的能力居於國內領先地位，並在國際學術界占據重要地位和享有較高聲譽，力爭成為國家級重點研究基地。將中心建設成為聯系全國高校和校外研究機構的傘形網絡中心，並起到對外學術交流窗口的作用，成為全國高校院校發展研究的學術交流和情報資料基地。造就和培養具有突出學術成就和良好學風的國內壹流學術帶頭人和中青年學術骨幹隊伍，使中心成為全國從事院校發展研究的人才培養和培訓基地，成為全國的研究咨詢基地和教育部進行高校改革決策的智囊團。
區域高等教育發展研究中心
“區域高等教育發展研究中心”是我國最早成立的專門調查與研究區域高等教育發展問題的跨院校研究機構，2008年籌建，2009年正式獲批為湖北省高等學校人文社會科學重點研究基地，掛靠在華中科技大學教育科學研究院。
中心下設5個分中心，其中區域高等教育調查與評估研究中心、區域高等教育理論與比較研究中心、區域高等教育政策與法規研究中心掛靠在中心本部；區域產學研合作與發展研究中心掛靠武漢工程大學，區域高職教育發展與創新研究中心掛靠武漢職業技術學院。
《高等教育研究》編輯部
《高等教育研究》是全國高等教育學研究會會刊，由華中科技大學與全國高等教育學研究會***同主辦。1980年創刊，面向國內外公開發行，雜誌社設在華中科技大學內。 《高等教育研究》以繁榮高等教育科學，促進高教改革發展為辦刊宗旨。作為高教研究類綜合性學術理論刊物，雜誌註重學術性、前瞻性和時代性，在長期的辦刊實踐中形成了註重反映高教研究前沿的學術動態，大力倡導不同觀點的學術爭鳴，特別重視扶植中青年作者，積極加強與海外專家學者的聯系等辦刊特色。雜誌現辟有高等教育改革與發展、教育基本理論、高等教育體制與結構、院校研究、教學理論與教學改革、德育與美育、高等職業技術教育、學位與研究生教育、高等教育史、國際與比較高等教育、探索與爭鳴以及高等教育學科建設等主要欄目，並不定期地組織各種專題研究，刊登的論文具有選材面廣、觀點新穎、針對性強和勇於探索等特點。《高等教育研究》是《中文社會科學引文索引》（CSSCI）來源期刊。據2001年3月11日《光明日報》報道，南京大學中國社會科學研究評價中心對1998年全國社會科學期刊按影響因子排序，本刊名列第19，成為進入前20名的唯壹教育類期刊。《高等教育研究》1994、1996、1998、2000年連續四次入選全國中文核心期刊，1995、1998和2001年連續三次被評為湖北省優秀期刊。在高教界專家學者和廣大讀者、在作者的關心支持下，雜誌的辦刊質量和學術影響在全國同類期刊中名列前茅，被學術界公認為最具權威性的高等教育學術期刊之壹。
《高等工程教育研究》編輯部
《高等工程教育研究》學報1982年由教育部黨組決定創辦，1983年創刊。20多年來，學報壹貫堅持探討教育規律、開展學術討論、反映研究成果、交流教育信息、推動教育改革、促進國際交流的宗旨；以其工程應用性、學術前沿性的鮮明特色，深受我國高教界、工程界的好評——1992年、1996年、2000年、2004年連續四屆被評為“全國中文核心期刊”。1998年11月，中國工程院成立教育委員會，負責指導與協調工程院在工程教育方面（含工、農、醫等領域）的咨詢研究和學術活動，就中央和地方政府有關工程教育的改革與發展提出建議，同年決定，將《高等工程教育研究》作為工程院教委會會刊。根據工程院教委會的安排，本刊作為重要的研究資料，每個院士人手壹冊，從而進壹步擴大了在全國高教界和工業界的影響。
《高等工程教育研究》是我國第壹份、也是唯壹壹份面向工程教育研究的全國性權威學術期刊。常設欄目有：院士論壇、校長論壇、工程教育前沿、高等教育經濟與政策、高等教育管理、學科與專業建設、院校發展研究、企業家論壇、國防高等工程教育、研究生教育、國際高等工程教育擷英、高職高專教育、教學工作研究，並根據需要定期開設國家級優秀教學成果等專欄。