基金實行分級管理、獨立核算、有償使用。環境保護部門在銀行開發“汙染源治理專項基金專戶”（以下簡稱“基金專戶”），專戶存儲，委托銀行辦理專項基金貸款（以下簡稱“貸款”）。
環境保護部門委托銀行辦理存款、貸款業務，按照中國人銀行的有關規定辦理。第三條 市環境保護局是對基金的使用實行統壹監督管理的主管部門。第四條 本辦法適用於本市行政管轄區域。第二章 基金的來源和使用條件第五條 基金來源於下列資金：
（壹）依照國務院《征收排汙費暫行辦法》征收的超標準排汙費用於補助重點排汙單位治理汙染源部分；
（二）依照《山東省征收排汙費實施辦法》征收的排放汙水費用於補助重點排汙單位治理汙染源部分；
（三）依照《青島市環境噪聲管理規定》征收的環境噪聲汙染費用於補助重點排汙單位治理汙染源部分；
（四）貸款的利息收入和加、罰利息收入；
（五）其他資金。第六條 專項基金貸款的對象為繳納排汙費的企業、事業單位。第七條 基金的使用範圍是：
（壹）各級人民政府確定的重點汙染源治理項目；
（二）市民反映強烈，嚴重擾民的汙染源治理項目；
（三）“三廢”綜合利用項目；
（四）對解決區域或行業汙染具有典型意義的汙染源治理項目或示範工程；
（五）為解決汙染，實行並、轉、遷企業的汙染源治理設施；
（六）技術改造項目中的汙染源治理項目；
（七）為汙染源治理服務的課題研究項目。第八條 在專項基金貸款的對象和使用範圍內，具備下列條件的企業、事業單位，可以向環境保護部門申請使用基金：
（壹）按規定繳納排汙費的；
（二）汙染源治理項目經過可行性研究。切實可行，並經有關部門審查批準的；
（三）自籌資金占投資總額的30％以上的；
（四）具備償還貸款能力，並由其主管部門或具有償還能力的法人單位提供擔保的。第九條 具備本辦法第八條規定條件的企業、事業單位，其汙染源治理項目又屬下列情況之壹的，應優先貸款：
（壹）各級人民政府確定限期治理的；
（二）汙染嚴重、亟待治理的；
（三）位於居民生活區、文教區、水源保護區、風景遊覽區、療養區的；
（四）自籌資金占投資金總額的60％以上的；
（五）工期短、見效快、經濟利益和環境效益顯著的。第三章 貸款程序第十條 申請貸款的企業，事業單位（以下簡稱貸款單位），應於每年十壹月底前向環境保護部門提報下年度汙染源治理計劃。
（壹）駐市南區、市北區、臺東區、四方區、滄口區的貸款單位分別按以下程序提報汙染源治理計劃：
1．中央、省屬的貸款單位，報市環境保所部門；
2．市屬的貸款單位，經其主管部門審核匯總後，報市環境保護部門；
3．區屬以下的貸款單位由其主管部門報經區環境保護部門審核匯總後，報市環境保護部門。
（二）駐各縣（市）及嶗山區、黃島區的貸款單位分別按以下程序提報汙染源治理計劃：
1．中央、省、市屬的單位，報駐在縣（市）、區環境保護部門；
2．縣（市）區屬以下的貸款單位，經其主管部門審核匯總後，報縣（市）區環境保護部門。第十壹條 貸款單位根據提報的年度汙染源治理計劃，於每年二、七、九月份將汙染源治理項目方案及有關文件、還貸計劃和措施等，分別按本辦法第十條的程序報批。
市屬以下的貸款單位汙染源治理項目方案，需經其主管部門組織審查、論證，並提出主導意見後，報環境保護部門。第十二條 環境保護部門對提報的汙染源治理計劃、治理方案、還貸計劃和措施審核後，會同計劃、財政等有關部門綜合平衡，根據年度投資計劃，下達“汙染源治理專項基金有償使用計劃”。財政部門根據該計劃，從解繳入庫的排汙費中，按季撥入“基金專戶”。
各縣（市）及嶗山區、黃島區環境保護部門將其“汙染源治理專項基金有償使用計劃”，在下達後的壹個月內，報市環境保護部門備案。