中國預防性病艾滋病基金會的主工作要有：
基金會作為國內最早成立的防治艾滋病的非政府組織，自成立以來，發揮社會團體便於以多種形式協助政府開展防治工作的優勢做了大量工作，開展的主要工作如下：
1．1991年拍攝了中國第壹部反映防治性病、艾滋病的科普教育錄像專題片《艾滋病追蹤》，在全國發行，獲衛生部“特別獎”。
2．1991年設立“小西防治艾滋病獎勵基金”，與衛生部壹起數次獎勵衛生部等有關部委下屬單位和各省市自治區衛生系統評選出來的積極從事開展艾滋病科研、教育、宣傳、防治工作的優秀工作者和先進集體。
3．1995年與中國中醫研究院等單位合作，成功舉辦“國際艾滋病研討會”。
4．1996年創辦《國際性病艾滋病信息》專業期刊，編寫了艾滋病科普書籍《世紀的警告》等出版物。
5．從1997年以來，與各地政府的有關部門及非政府組織合作，在廣州、南寧、北京、烏魯木齊等地成功舉辦了大型“預防艾滋病教育展覽會”；之後，根據各地的要求修改制作的展板推廣到全國二十多個省市。
6．提供防治艾滋病熱線咨詢；從2001年起開通了《艾滋病在線》網站。
7．1999年參與中國科學院組織的遏制艾滋病流行策略調查並寫出調查報。
8．2000年與國內媒體合作拍攝並播出有關艾滋病的科教片《世紀的警告》等宣教片，2001年又與北京電視臺***同舉辦大學生艾滋病知識競賽活動。
9．近年來，在衛生部和有關國際組織的支持下，到農村地區與基層衛生部門開展預防艾滋病宣傳教育：
（1）2000年在山東濰坊和河北邯鄲農村地區利用廣播、電視、展覽、傳單、講座等用多種形式開展防治艾滋病的健康教育工作；
（2）2001年在山東濰坊地區建立健康教育基地，開展農村地區宣傳防治艾滋病工作；
（3）2001年與山西省衛生廳合作，在山西夏縣開展“建立壹個無歧視的社區”為目標的艾滋病健康教育和幹預的項目，這兩地的工作都取得了成果，成為我基金會農村艾滋病宣傳教育點。