1、顏色標識不同，紅色標識OTC是甲類OTC，綠色標識OTC是乙類OTC；
2、銷售途徑上不同，甲類藥只能在藥店進行銷售，而乙類藥的銷售途徑比較多，不僅可以在藥店銷售，經過藥監部門批準的具體商業性質的商店也能進行零售；
3、報銷比例不同，甲類藥品可以按照報銷比例100%進行報銷，而乙類藥品則需要參保人員先自付30%費用，剩下70%費用再按比例進行報銷；
4、價格水平不同，甲類藥品是統壹制定的，其價格相對於同類藥物的價格較低。而乙類藥品的價格雖是統壹制定，但地方可適當進行調整，相對於同類藥品中的甲類藥品來說價格更高。
醫保甲類乙類的報銷比例：
1、第壹類甲類，可以全部進入醫保報銷範圍，按醫保比例報銷的；
2、第二類乙類，用此類藥需個人先按壹定的比例承擔部分費用後，剩余部分進入醫保報銷範圍，按醫保比例報銷；
3、第三類丙類，這部分的藥是不報銷的，全部由個人承擔。所以，對於甲類藥品壹般除必須扣除的項目外，其他按100%報銷；乙類藥品只報銷壹部分70%-80%，自費藥需要自己全部承擔。
綜上所述，醫保支付甲類和乙類的區別在顏色標識不同、銷售途徑上不同、報銷比例不同、價格水平不同。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。