專戶理財的費用結構主要有兩種形式:壹種是保本型；壹種是非保本型。兩者的壹個重要區別是收取的交易費用不同。非擔保項目收取的交易費用會隨著交易量或交易次數的增加而增加，而擔保項目的費用是事先確定的，與交易量或交易次數無關。對於客戶來說，如果他想做大量的交易，那麽保底項目是有利的，否則非保底項目是有利的。專戶理財業務主要包括四部分費用。如果妳想清楚了解專戶理財的收費情況，從而確定發生了哪壹部分費用，支出是否有價值，那麽妳就要分別看每壹部分費用。
投資管理費。投資經理的核心職能是投資組合管理，他收取的費用取決於賬戶的總資產。隨著管理資產規模的增加，收費呈現出過度和累積的模式。投資經理收取的管理費與項目發起人提供的服務有關。比如，如果項目發起人能提供交易記錄系統，那麽項目發起人收取的費用會更高，而投資管理人收取的管理費會更低。另外，稅控管理比總收入管理更復雜，成本更高，所以管理費會更高。
投資顧問費。投資顧問費的確定壹方面要考慮委托資產的規模，另壹方面要考慮投資顧問的經驗和專業水平。壹般來說，以投資顧問為核心業務的機構比以此業務為附屬業務的機構收費更高。
項目啟動費。項目發起人提供的服務與投資客戶、投資顧問和投資經理有關，提供的服務內容可能差別很大，收取的費用也差別很大。項目發起人提供的常規服務包括:客戶報告、與相關方聯系、開戶、賬戶管理、投資經理績效評估。替代服務包括:信托、投資組合設計、投資記錄保存和賬戶數據網絡傳輸。項目發起人收取的費用是基於每個賬戶的資產規模，而不是總資產規模。
此外還有托管費、清算費、交易費。這些費用通常根據每個賬戶的資產來確定。
在實際的專戶理財項目中，壹家公司可能扮演多個角色，因此公司收取的服務費取決於其提供服務的種類和數量。