根據各地區城市棚戶區改造任務完成情況、補助資金使用管理情況、是否按時向專員辦報送審核數據、上報數據是否及時準確等因素，財政部、住房城鄉建設部在下壹年度分配城市棚戶區改造補助資金時采取適當的獎懲措施，適當增減相關地區補助資金。
第十三條各地區省級財政部門收到中央下達的城市棚改補助資金額度後，參照中央分配計劃，會同同級住房城鄉建設部門於每年5月31日前，壹次性下達已實施城市棚戶區改造的市縣財政部門，同時將文件送專員辦。
市縣財政部門收到城市棚改補助資金後，要會同住房城鄉建設部門盡快將資金分解或明確到具體建設項目，並報上級財政部門和住房城鄉建設部門備案。
第十四條各地區縣級以上財政部門對城市棚改補助資金實行專項管理、單獨核算，嚴格按照規定用途使用；不得截留、挪用或挪作他用，不得用於平衡本級預算。
城市棚戶區改造主管部門和項目實施單位應當嚴格按照本辦法的規定使用城市棚戶區改造補助資金，不得挪作他用。
第十五條城市棚改補助資金的支付，按照財政國庫管理制度的有關規定執行。
第十六條各地區要切實提高資金使用效率，根據城市棚戶區改造工作進度，及時下達預算和撥付資金，確保預算執行進度，保證城市棚戶區改造資金需求。對年末城鎮棚改補助資金結余較大的地區，中央財政將酌情調減該地區下壹年度補助金額。
第十七條市、縣財政部門安排使用城市棚改補助資金時，應填報“政府收支分類”221“住房保障支出”01“保障性安居工程支出”03“棚戶區改造”支出項目。