聯總在中國的工作，從其規模來看，可以說是它所從事的事業中規模最大的。1945年1月，國民政府設立行政院善後救濟總署（簡稱“行總”，英文縮寫為CNRRA），代表政府作為聯總的對應機構，負責接受和分配聯總提供的救濟物資。行總的總部初在重慶，後遷南京。在上海、浙江、福建等省市設立15個分署。與此同時，在延安相應成立中國解放區救濟總會（簡稱“解總”），董必武為會長。解總於1946年7月在上海設立辦事處。中國福利基金會同解總駐滬辦事處密切合作，堅持要求聯總和行總按聯合國規定，公平合理分配救濟金和物資。按照章程，聯總對救濟物資的分配，應是不分政治派別公平地援助壹切受戰爭破壞的地區。這個原則，在中國壹開始沒有得到實現。受戰爭災害的人有壹半以上生活在華北解放區，但這個地區卻只得到2%的救濟物資，98%的物資給了國民政府控制區。這種不公平分配，不僅引起解總和中國福利基金會的抗議，也引起了聯總在華工作人員的不滿。民國35年7月上旬，分屬14個不同國籍的300名聯總駐華官員和職員聯名寫信給聯總總署署長菲奧雷拉·拉瓜迪亞，抗議國民黨把聯總的救濟用作政治武器。民國36年4月，聯總60名在華高級官員集會通過壹項決議，抗議對解放區的歧視，並將決議刊登在上海出版的英文報紙《大陸報》上。聯總派往晉察冀國際和平醫院的牙醫摩西·奧斯布爾、化驗師麗琳·凱泰和護士陶樂賽，在民國35年底國民黨軍隊進攻張家口時，放棄了飛返北平的機會，誌願跟解放區軍民壹起轉移，堅持工作，直至民國36年聯總解散。聯總醫務官哈勵遜（亦譯為夏理遜），為押運物資去解放區受到國民黨軍警刁難、折騰，1947年1月殉職於山東省張秋縣（現陽谷縣張秋鎮），終年66歲。