第四十二條凈資產包括固定基金、公用基金、專項基金、財政補貼結轉(盈余)和未彌補虧損。
(壹)固定資金，即基層醫療衛生機構固定資產、在建工程、無形資產占用形成的資金。
(二)業務基金，即基層醫療衛生機構按規定設置的用於彌補虧損的凈資產。包括結余分配轉移資金(不含財政基本支出補助收入)、資產評估增值等。
基層醫療衛生機構要加強公用經費管理，統籌安排，合理使用。公用經費很多的，在編制預算時要安排壹定數量的公用經費。
(三)專項資金，即基層醫療衛生機構按規定提取和設立的具有特殊用途的資金。主要包括醫療風險基金、職工福利基金、獎勵基金和其他專項資金。
醫療風險基金是指從醫療衛生支出中提取的資金，專門用於支付基層醫療衛生機構購買醫療風險保險所發生的費用或實際醫療事故的賠償。提取的醫療風險基金不超過當年醫療收入的1%。具體比例可由各省(自治區、直轄市)財政部門會同主管部門根據當地實際情況制定。
職工福利基金是指按照事業結余的壹定比例提取，專門用於職工集體福利設施和集體福利待遇的資金。
基層醫療衛生機構要加強職工福利基金和醫療風險基金的管理，統籌安排，合理使用。對職工福利費和醫療風險基金較多的基層醫療衛生機構，可適當降低或暫停提取比例。
獎勵基金是指實行核定收支等預算管理方式的基層醫療衛生機構。年終對核定任務完成情況進行績效考核合格後，可按業務收支結余的壹定比例提取資金，由基層醫療衛生機構結合實施績效工資用於員工績效考核和獎勵。
其他專項資金是指按照有關規定提取和設立的其他專項資金。
國家對各項基金的提取比例和管理辦法有統壹規定的，按照統壹規定執行；沒有統壹規定的，由各省(自治區、直轄市)主管部門會同同級財政部門確定。專項基金應當專款專用，不得擅自變更。
(四)財政補助結轉(結余)，即基層醫療衛生機構歷年積累的財政補助資金的有限使用。
(5)未補償損失，即不能用公共資金補償的損失。