交通運輸工程系下設交通工程教研室與交通運輸教研室，並建設有“智能交通系統與物流技術研究所”和“全國智能交通技術培訓網絡—廣州中心”兩個研究機構。現有專任教師19人，其中教授4人、副教授4人、博士生導師4人、碩士生導師7人、具有博士學位的教師11人；已為社會培養本科畢業生450余人，碩士畢業生100余人，博士畢業生30余人，工程碩士畢業生50余人，具備從本科到博士的多層次人才培養資格和能力。
交通運輸工程系在交通信息采集與處理、道路交通控制與管理、交通安全與交通環境、交通建模仿真與優化、交通監控技術、智能交通系統、道路收費系統、高速公路機電設施設計、城市公***交通規劃、道路交通規劃與管理、綜合運輸、客運系統、運輸企業管理等研究領域開展了深入的科學研究，取得了壹批有代表性的創新研究成果。近五年來，先後承擔有國家“863計劃”項目、國家自然科學基金、廣東省重大科技攻關計劃項目等重大科研項目50余項，累計獲得科研經費近5000萬元；發表學術論文近300篇，其中有90余篇被三大索引收錄；獲得省部級獎5項，其中壹等獎1項、二等獎3項、三等獎1項；獲發明專利2項、實用新型專利6項；出版教材2部、專著4部；並實現了多項科研成果的轉化。交通運輸工程系壹直緊密結合廣東省交通行業的發展需求，重點根據廣東省內交通狀況進行科技攻關及科技創新工作，研究成果得到了國內同行的高度贊同，為華南地區的交通建設與管理工作做出了積極貢獻。
交通工程系在科學研究方面，以交通工程、交通信息工程及控制、交通運輸規劃與管理、控制理論與控制工程等學科為依托，在“211”和“985”等高水平大學建設項目的支持下，組建了“交通信息工程及控制”學科團隊，包含“智能交通系統”、“交通運輸規劃與管理”和“高速公路信息工程及系統優化與仿真”3個學術團隊，研究成果在國內智能交通領域處於領先水平，部分研究方向達到國際先進水平。
交通工程系在學科建設方面，具有交通工程本科、交通信息工程及控制碩士、交通運輸規劃與管理碩士、交通運輸工程領域工程碩士以及交通信息工程及控制博士的培養資格和能力，組建了“交通信息工程及控制”學科團隊，包含“智能交通系統”、“交通運輸規劃與管理”和“高速公路信息工程及系統優化與仿真”3個學術團隊，是國家“211工程”的重點建設學科，也是國家“985”工程重點建設的學科平臺，建設有 智能交通系統與物流技術研究所和全國智能交通技術培訓網絡—廣州中心等研究機構。
智能交通系統與物流技術研究所：
智能交通系統與物流技術研究所成立於2000年，以交通工程、物流工程、交通信息工程及控制、交通運輸規劃與管理、控制理論與控制工程等學科為依托，組建了智能交通系統和交通運輸規劃與管理兩支研究隊伍，是國家科技部組織的中國ITS體系框架“十五”計劃的研究單位之壹，在國內智能交通領域處於領先水平，部分研究方向達到國際先進水平。
全國智能交通技術培訓網絡 — 廣州中心
全國智能交通技術培訓網絡—廣州中心是華南地區唯壹由全國智能交通系統協調指導小組辦公室和交通部公路科學研究所（國家智能交通系統工程技術研究中心）根據國家科技攻關項目“智能交通系統社會環境體系的建設”而委托成立的壹所面向全國的智能交通技術培訓中心。中心本部設在華南理工大學交通學院，具有雄厚的師資力量和實驗條件，根據培訓對象和內容的需要，中心還聘請有交通行業相關主管部門的領導以及國內外知名專家學者前來授課，並組織到發達地區和先進省市見習調研。