參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
醫療保險壹般可以對因為疾病或意外而導致發生的合理且必要的醫療費用進行報銷，包括住院醫療費用、住院前後門急診醫療費用等，因此，住院做胃腸鏡檢查所發生的醫療費用，醫療保險通常是可以進行報銷的。
法律依據
《中華人民***和國社會保險法》
第三十條 下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
（壹）應當從工傷保險基金中支付的；
（二）應當由第三人負擔的；
（三）應當由公***衛生負擔的；
（四）在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三人追償。第三十壹條 社會保險經辦機構根據管理服務的需要，可以與醫療機構、藥品經營單位簽訂服務協議，規範醫療服務行為。
醫療機構應當為參保人員提供合理、必要的醫療服務。第三十四條 國家根據不同行業的工傷風險程度確定行業的差別費率，並根據使用工傷保險基金、工傷發生率等情況在每個行業內確定費率檔次。行業差別費率和行業內費率檔次由國務院社會保險行政部門制定，報國務院批準後公布施行。
社會保險經辦機構根據用人單位使用工傷保險基金、工傷發生率和所屬行業費率檔次等情況，確定用人單位繳費費率。
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