更令人感佩的是，蔡元培還以其聲望和社會地位，排除反對勢力的進攻，極力維持北大這壹新文化運動陣地。1919年2～3月間，桐城派古文家林紓代表守舊勢力，率先向北大和蔡元培發難。他壹面寫毀謗小說，對新文化領導人物進行人身攻擊，其中把蔡元培比作贊助“毀聖滅倫”的怪物“元緒”（大龜）；壹面發表公開信，指責北大陳、胡等人“覆孔孟，鏟倫常”。同時，北洋政府也通過教育部對蔡元培施加壓力，指責《新潮》雜誌的言論過於激進，要求他約束北大師生的言行。對林紓的惡語謾罵，蔡元培嗤之以鼻，表示“林君詈仆，仆將哀矜之不暇，而又何憾焉。”對林紓的公開信，蔡元培從容作復，壹壹辯明林紓的指摘是毫無根據的，最後聲明自己絕不改變“思想自由、兼容並包”的辦學方針。在回復教育總長的信中，蔡元培重申“大學兼容並包之旨，實為國學發展之資”。對於守舊勢力壓迫他辭退陳獨秀、約制胡適，蔡元培堅決予以拒絕，表示：“北京大學壹切的事，都在我蔡元培壹人身上，與這些人毫不相幹。
在保護新文化運動的同時，蔡元培也是宣傳新文化最力的人之壹。如在提倡白話文方面，他在1917年2月間便與梁啟超等發起成立中華民國國語研究會，並出任會長。此後，他還多次發表演說，宣傳白話文必然取代文言文。在提倡科學方面，蔡元培任北大校長後，繼續支持我國第壹個民間科學團體——中國科學社的活動。1917年1月，他為中國科學社創辦的《科學》雜誌撰寫《祝科學》壹文，極言科學之重要，指出：“循是以往，凡往昔哲學之領域，自玄學以外，將壹切為科學所占領，科學界之發展，未可限量，科學社諸君勉乎哉。”此外，蔡元培還在經濟上援助科學社，每月由北大編譯處撥款作為《科學》雜誌的經費，並積極為科學社募集基金。
然而，在宣傳新文化過程中，蔡元培在許多方面又表現出與陳獨秀、胡適等人不同的思想特色。對陳、胡等大多數新文化運動人士來說，他們宣傳思想革命，提倡新文化、新道德，更多是出於政治的動機，將文化和思想工作看作是實現民主***和政治的手段。而對蔡元培來說，他從事文化和思想工作，固然也有政治的動機，實現“救國”的目標，但他更傾向於將文化和道德革新看作是人的內在要求，是人格完善和人性升華的途徑和標誌。蔡元培的這壹思想傾向，又導致了他在壹些文化問題上與陳、胡等新文化人士持不同的見解。如在科學問題上，陳、胡等將科學看作是萬能的，認為科學不但能解決客觀世界的問題，而且也能解決人生觀問題。蔡元培則不同，他雖然也提倡科學，熱心贊助科學事業，但他認為科學是有局限的，並不能解決人生的所有問題，關於存在、意識等“形上”的壹部分問題是科學無能為力的。與此相關，在人生觀問題上，蔡元培也不像陳、胡等新文化人士那樣采取壹種簡單的態度，以為只要提倡壹種科學的人生觀就解決了。他認為，美術和科學都是人生須臾不可脫離的，科學予人以知識，美術予人以情感的要求，指出：“世之重道德者，無不有賴乎美術及科學，如車之有兩輪，鳥之有兩翼也。”他還認為，美在人生中的特殊意義在於，美感具有與現實利益無關的超脫性，是人類生而固有的內在必然而不待外鑠。並且，由於美感壹方面有超脫利害的性質，壹方面有發展個性的自由，所以便導致人類罪惡的“占有性沖動”逐漸減少，而使人類趨於高尚的“創造性沖動”得以逐漸擴展。