為了探索大眾化教育背景之下優秀人才的培養模式，2000年該校在全國師範院校中率先組建強化班。2001年9月，在強化班的基礎上，成立強化培養部，掛靠教務處，作為強化班日常管理機構。2003年，強化培養部成為學校獨立設置的教學單位。為了進壹步推動該校本科教學改革，培養基礎紮實、綜合能力強和高層次的優秀本科人才，彰顯該校本科人才培養特色，2007年6月，經學校決定，強化培養部改建為強化培養學院。強化培養學院現已成為該校本科教學改革的特區、精英人才的培養基地和研究生優秀生源基地。
成長歷程
●2000年11月，南京師範大學首屆優異生強化班開班。同年12月，學校頒布《南京師範大學優異生強化班培養條例》（寧師教2000第37號）。
●2001年9月，強化培養部成立（掛靠教務處）。
●2001年12月，南京師範大學強化培養部指導委員會和教學指導小組成立。
●2002年6月，強化培養部2000級學生導師聘任大會召開。
●2003年12月，強化培養部改為獨立設置的教學單位。
●2004年12月，學校頒布《南京師範大學關於加快強化培養部改革發展的實施意見》（寧師大〔2004〕126號）。
●2005年3月，強化培養部啟動“行知”系列講座，每年邀請十名左右海內外專家為強化部師生演講，以營造濃厚的學術氛圍。
●2005年6月，南京師範大學出版社出資百萬元，在強化培養部設立行知英才獎學金。同年11月，首屆南京師範大學出版社行知英才獎學金頒獎大會召開。同年12月，強化培養部行知獎學助研基金成立。
●2005年11月，強化培養部和教務處合作***同舉辦了“全國本科優秀人才培養模式高級論壇”，北大、清華、復旦、南大、浙大等10余所大學相關專家及負責人***40余人與會。
●2006年6月，《2006強化培養部本科人才培養計劃》制定通過。
●2006年10月，《強化培養部導師簡報》創刊。
●2006年9月，強化培養部直屬黨支部改建為強化培養部黨總支。同年12月，強化培養部榮獲2006年度校精神文明建設先進單位稱號。
●2006年12月，《強化培養部“十壹五”發展計劃》獲學校通過。
●2007年6月，學校研究決定強化培養部改建強化培養學院。
●2007年7月，南京師範大學校長宋永忠教授同南京大學校長陳俊教授簽訂關於委托南京大學培養該校強化培養學院本科生的協議。
●2009年9月8日，強化培養學院成立大會隆重召開。
●2010年8月，強化培養學院開辦工科強化班，首屆招生20名。
●2010年3月24日，學校調整強化培養學院指導委員會成員（寧師大〔2010〕13號《南京師範大學關於調整強化培養學院指導委員會成員的通知》）