米埔鳥類已經記錄的就有325種，其中翠鳥大約有90多種，人們最喜歡的是翠鳥科中的幾種魚郎。絕大部分以魚類為食，而澳大利亞的笑翠鳥則捕食昆蟲和小動物，東南亞的赤翡翠則在石上敲碎蝸牛以食其肉。生活在米埔的四種魚郎全部是捕魚的高手，體型最大的斑點魚郎，全身黑白兩色，白羽上分布著黑色的斑點。斑點魚郎被作為世界野生生物基金會米埔計劃的標誌。白胸魚郎廣泛活動在蝦塘、沼澤和海岸，翠藍色的背部和雪白的胸部引人註目。黑頭翡翠在黑頭、藍背之外，白色的頸部，淡橙色的腹部是它的顯著特點。當地人稱“釣魚郎”的壹種翠鳥，則是背部天藍，腹部橙色。在米埔，“釣魚郎”的數量最多，壹年種的任何時候都能看到它，而且有幾對在米埔繁殖。冬季米埔保護區的翠鳥數量最多。翠鳥住在洞穴中，洞穴長0.75~1.5米，盡頭有壹個橢圓形的巢室，雌鳥在巢室中產卵。每窩3~4枚。
米埔沼澤地的蝦塘水面和塘外臺地樹木上，簡直是鷺的世界，大白鷺、小白鷺、池鷺、蒼鷺、夜鷺都生活在此。香港地區有5種白鷺，米埔就有3種。大白鷺、小白鷺數量最多，夏季離開米埔到香港其它地區的高大闊葉樹上去繁殖。牛背鷺喜歡幹燥的環境，夏季到米埔來繁殖，而且換上壹身美麗的羽毛。池鷺、綠鷺、夜鷺體型較小。
全世界有6種琵鷺，米埔地區有2種，即白琵鷺和黑臉琵鷺，琵鷺形態與鷺相似，更像，因此，被列為科琵鷺亞科。6種琵鷺中最美的是美洲玫瑰紅琵鷺，最珍稀的是黑臉琵鷺，全世界***有黑臉琵鷺300~350只。在米埔越冬的已達100只。在米埔還有彩和白，白是香港常見的冬候鳥。彩的繁殖區從東歐伸展到非洲、大洋洲和梅州，是壹種長途遷徙的候鳥，在米埔幾次出現。 白：國家二級保護動物，體型中等，體長為680毫米。體羽白色。頭與頸裸出，黑色。喙長而下彎，黑色；跗跖黑色。
棲息於淺水和沼澤濕地。營巢於水邊的大樹上。以蠕蟲、昆蟲、及小型水生動物為食。 彩：國家二級保護動物，體長為600毫米。頭部有羽毛，僅面部裸出，眼瞼在繁殖期為白色。體羽大部分為青銅栗色。下背、翅、尾暗青銅綠色，有光澤。喙黑色，長而向下彎曲；跗跖前緣具盾狀鱗。
彩棲息於沼澤地、湖泊沿岸等處。
在米埔過冬的野鴨，每年都有10多種，包括綠翅鴨、翅頸鴨、紫榜鴨、羅紋鴨、琵嘴鴨、針尾鴨等。
米埔的鳥類中，體型最大的鳥要數鵜鶘科的斑嘴鵜鶘和白鵜鶘，它們在長江下遊和福建境內繁殖，在兩廣和雲南越冬。 斑嘴鵜鶘：國家二級保護動物，體長約為1560毫米，上體灰褐色，下體白色。
斑嘴鵜鶘善於遊泳，飛翔能力較強，主要以魚類為食，也取食甲殼動物及小型兩棲動物。結群營巢於湖泊、濕地地面。每窩產卵3~4枚。 白鵜鶘：國家二級保護動物，體長可大2000毫米，體羽淡粉白色。翼大而闊，翼後具壹束長而狹的羽毛；胸上具壹束淡黃色羽毛。喙鉛藍色，跗跖肉色。白鵜鶘喜群居，棲息於沿海湖沼、河川和大型水域。以魚類為食。
除了上面介紹的豐富的鳥類資源外，米埔約有20種魚，8種蝦，8種蟹，8種螺。珍貴魚類有日本鰻鱺和真鱸，它們味道的鮮美遠在眾魚之上。蝦類中價值較高的是斑節對蝦和紅脊對蝦。