第二十三條 項目承擔機構應當嚴格按照協議組織項目實施，並根據國家財經法規和本辦法制定單位資助經費使用管理辦法，確保資助經費的使用效益。單位經費使用管理辦法送基金辦備案。
第二十四條 資助經費核算必須納入單位會計核算體系，專款專用、單獨核算，並完整保留與資助項目有關的會計資料。出版基金全額資助項目完成後，項目經費結余應當退回基金辦。
第二十五條 有下列變更事項之壹者，項目承擔機構須提交書面申請，經主管單位審核後，報基金委審批。資助項目變更審批期間，基金辦暫停撥款。
1．變更項目承擔機構。
2．變更已批準的資助項目名稱。
3．變更資助項目的出版形式。
4．資助項目內容有重大變化。
5．資助項目延期完成。
6．終止資助項目。
7．其他需要審批的重大變更事項。
除上述需審批事項外，其他事項變更需報基金委備案。
第二十六條 跨年度資助項目實行年度檢查制度。資助項目的年度檢查工作由主管單位負責。
1．資助項目承擔機構應當根據項目計劃實施情況及下年度實施計劃，填制《國家出版基金資助項目年度檢查表》並按規定時間報送主管單位審查。
2． 主管單位依據本辦法和《國家出版基金資助項目協議書》，對資助項目實施和經費管理使用情況進行審查，並於每年3月31日前將所轄（或本部門、本系統）出版機構承擔的資助項目審查意見（進展情況、存在的問題及解決措施等）連同《國家出版基金資助項目年度檢查表》書面報送基金辦。
第二十七條 資助項目結項實行驗收制度。結項驗收工作由基金辦或基金辦委托主管單位負責組織。結項驗收工作程序是：
1．資助項目完成後，項目承擔機構向主管單位報送《國家出版基金資助項目結項申請書》、資助項目成果各3份，申請結項驗收。
2．主管單位接到結項驗收申請後10個工作日內將《國家出版基金資助項目結項申請書》和項目成果各2份以及結項驗收意見函報送基金辦。
3．基金辦收到主管單位驗收意見函後10個工作日內就驗收組織形式（委托主管單位驗收或直接組織驗收）函告主管單位。
4．基金辦或主管單位組成結項驗收專家組，依據本辦法和《國家出版基金資助項目協議書》對資助項目成果進行檢查、評定、驗收，並出具專家組驗收報告。
5．主管單位應在所組織的驗收工作結束後15個工作日內，將專家組驗收報告、不合格項目專題報告等有關材料報送基金辦。
6．驗收合格項目經基金辦審核並報基金委批準後，由基金辦下達結項通知。
不合格項目由基金辦按照本辦法第二十九條規定處理。