需要註意的基本問題主要是指申請中涉及的非學術內容。首先，申請者需要了解自然科學基金的定位。國家自然科學基金的定位是“支持基礎研究，堅持自由探索，發揮引導作用”，24字工作方針是“尊重科學，發揚民主，倡導競爭，促進合作，鼓勵創新，引領未來。”其評價原則是:“依靠專家，發揚民主，扶優扶強，公平合理。”因為這些原則決定了項目的總體資助方向，最終目的是探索、發現和發現現象背後科學規律的必然性，無論是從學者個人利益出發，還是以國家需求為牽引。
其次，申請人還需要了解《基金條例》和《基金管理辦法》中的相關規定，如申請的要求和資格、預算中的管理費、國際合作與交流費、勞務費的使用比例和範圍以及壹些限制條件等。另外，妳需要仔細閱讀2009年國家自然科學基金項目指南中與妳申請相關的部分。這些基礎課學完了，寫作會更順暢，不會有障礙。如果能先做到，應用的質量應該會有更好的保證。
如實填寫基本信息和項目組主要成員即可。壹般項目、青年基金、地區基金，項目組成員不需要太多。壹般4到6人就夠了(包括研究生或博士後)。如邀請海外學者參與項目，需提供參與人員確認函復印件(傳真也可)。
關於應用程序代碼。新的應用代碼將在2009年使用。這裏需要註意的是，應用代碼是根據學科覆蓋原則形成的。不同級別的代碼覆蓋不同的領域，有些代碼會重疊。不要簡單的從字面上理解，壹找到就填對應的代碼，而是在了解代碼覆蓋的基礎上，對比自己項目的科學問題和主要研究內容，再選擇合適的應用代碼。
以上來自系列的編譯。