2003年，在全國基礎醫學壹級學科評估中，基礎醫學院校獲得了學術團隊、科學研究、人才培養、學術聲譽等整體水平的第壹名。
基礎醫學院自1978恢復研究生招生以來，已招收研究生1659人，其中博士生636人，碩士生1023人。目前有博士後流動站工作人員15人，博士、碩士研究生364人。基礎醫學院校培養的學生學風嚴謹、實踐綜合能力強、創新潛力大，受到國內外教育科研部門的好評。許多畢業生成為國內外生物醫學學科的學科帶頭人或骨幹。
基礎醫學院現有教職工404人，其中教授57人，副教授61人。博士學歷108人，碩士學歷78人。學院以師資力量雄厚、治學嚴謹著稱，擁有壹批國內外著名的專家學者。其中，中國科學院院士4人，工程院院士1人，“長江工程特聘教授”7人，博士生導師49人。
基礎醫學院主要從事生物醫學領域的基礎研究，科研綜合實力較強。1980 -2005獲164科技成果獎。其中國家自然科學獎3項，國家科技進步獎6項，部委科技進步獎130項，國家和國際發明專利12項，其他科技成果獎13項。2000-2005年發表科研論文1943篇，其中5篇論文獲全國優秀博士學位論文，549篇論文發表在SCI期刊上。2000年至2005年承擔科研項目561項，* * *獲得科研經費約21153萬元。其中承擔“973國家重點基礎研究項目”21，“973”項目獲資助3061萬元；承擔國家重點科技項目和“863高技術項目”26項，經費2456萬元；承擔國家自然科學基金項目156，基金3775萬元。
近年來，基礎醫學院校逐步加強了生物技術和醫學產品的研發，在科技發展方面取得了壹些重大進展。在基因工程藥物、腫瘤免疫治療、自身免疫性疾病治療、心血管疾病基因治療、神經退行性疾病和角膜疾病幹細胞治療、診斷試劑開發等領域，壹批研發項目在動物實驗或臨床試驗中取得良好效果，具有良好的應用前景。
基礎醫學院校高度重視國際醫學交流與合作，借鑒世界先進的醫學研究成果和教學經驗，不斷提高整體辦學水平。我們以項目合作研究、人員交流、合作舉辦國際會議等多種形式，與世界壹流的醫學院校和科研機構建立了廣泛而密切的聯系。經過50年的發展，北京大學基礎醫學院已成為國內著名的以發展多層次基礎醫學教育、研究人類生命科學基礎理論和疾病防治為主要任務的教學科研中心之壹，國家基礎醫學領域高級專門人才培養基地之壹。