1.司法行政機關管理。
《公證法》第五條規定，司法行政部門依法對公證機構、公證員和公證協會進行監督和指導。根據《公證法》的規定，司法行政機關對公證員、公證員的行政管理具體包括以下內容:(1)按照規定程序批準設立公證員，頒發公證員執業證書；(二)按照統籌規劃、合理布局的原則，依法調整和規範公證機構的執業區域和外部管理體制，實現公證資源的優化配置；(三)核準並備案選舉產生的公證機構負責人；(四)依照公證法的規定，審查、任免公證員；(五)監督和指導公證協會；(六)會同有關部門制定公證收費標準；(七)監督、指導公證員和公證員的執業活動，處罰其違法行為。
2006年2月21日，司法部發布了《公證員執業管理辦法》，2006年3月14日和2006年5月10日發布了《公證程序規則》，對公證員、公證員和公證員協會進行監督和指導。此外，還制定了《遺囑公證細則》(2000年3月1)、《公證機構抵押登記辦法》(2002年2月20日)。
2.公證協會的行業管理。
《公證法》第四條規定，全國設立中國公證協會，省、自治區、直轄市設立地方公證協會。中國公證協會和地方公證協會是社會團體和法人。中國公證協會章程由會員代表大會制定，並報國務院司法行政部門備案。公證協會是公證行業的自律組織，按照其章程開展活動，監督公證機構和公證員的執業活動。
中國公證協會於1990年3月在北京成立，2006年3月根據《公證法》規定更名為中國公證協會。司法部主管的中國公證協會是由公證員、公證機構、公證管理人員以及其他與公證有關的專業人員和機構組成的全國性社會組織法人。中國公證協會是全國性公證行業組織；地方公證協會是區域性公證行業組織，接受中國公證協會的指導。
《中國公證協會章程》第五條規定了協會的職責:(1)依照本章程對公證員和公證員的執業活動進行監督；(二)協助政府主管部門管理和指導全國公證工作，指導地方公證協會的工作；(三)制定行業規範；(四)維護會員合法權益，保障會員依法履行職責；(五)組織會員福利事業；(六)對會員進行職業道德和執業紀律教育，協助司法行政機關查處會員違紀行為；(七)負責會員的培訓，組織會員開展學術研討和工作經驗交流；(八)負責全國公證賠償基金的使用和管理，對地方公證協會管理和使用的公證賠償基金進行指導和監督；(九)負責公證宣傳，主辦公證刊物；(10)負責對外及港澳臺地區的研討、交流與合作；(11)負責核實海峽兩岸公證書，寄送公證書復印件；(12)負責公證專用水印紙的聯系制作和調配，並協助行政部進行管理；(13)提供公證法律咨詢等服務；(14)履行法律法規規定的其他職責，完成司法部委托的事務。
中國公證協會制定了《公證員職業道德基本規範》(20111.1.6)等規範性文件對公證行業進行管理。