新預算法和《國務院關於深化預算管理制度改革的決定》規定:
加大政府性基金預算和壹般公共預算統籌力度，加大國有資本經營預算和壹般公共預算統籌力度，加強壹般公共預算資金統籌使用。
預算法規定:“壹般公共預算、政府性基金預算、國有資本經營預算和社會保險基金預算應當保持完整和獨立。政府性基金預算、國有資本經營預算和社會保險基金預算應當與壹般公共預算相銜接。”
決定進壹步規定:“完善政府預算制度。明確壹般公共預算、政府性基金預算、國有資本經營預算和社會保險基金預算的收支範圍，建立定位清晰、分工明確的政府預算體系，政府收支全部納入預算管理。加大政府性基金預算、國有資本經營預算和壹般公共預算的統籌力度，建立將政府性基金預算中應當統籌使用的資金納入壹般公共預算的機制，加大國有資本經營預算資金向壹般公共預算的劃轉力度。”各地區、各部門要充分認識完善政府預算制度的必要性和緊迫性，按照預算法和本決定的規定，加快完善政府預算制度。
清理政府性基金預算結轉資金。各級政府性基金預算結轉資金原則上繼續按有關規定專款專用。規模較大的結轉資金要轉入壹般公共預算統籌使用。每項政府性基金結轉的資金規模壹般不超過當年基金收入的30%。
《通知》對權責發生制會計進行了明確規範。各級政府應嚴格控制權責發生制會計的範圍和規模。清理國庫集中支付年末余額新產生的權責發生制會計項目，應在2年內用完。
嚴格規範財政專戶管理。全面清理財政專戶存量，除財政部批準、國務院保留的財政專戶外，其余財政專戶將在2年內逐步撤銷。
各地不得新設專項支出財政專戶；其他財政賬戶的開設，必須按照國務院的規定，經財政部批準。