但在實踐中關於政府投資基金的份額轉讓是否應當進場交易存在著分歧。有觀點認為，按照《政府投資基金暫行管理辦法》第二十壹條的規定：政府出資從投資基金退出時，應當按照章程約定的條件退出；章程中沒有約定的，應聘請具備資質的資產評估機構對出資權益進行評估，作為確定投資基金退出價格的依據。
本文認為《政府投資基金暫行管理辦法》系由財政部頒布，出臺時間在前，32號令系由財政部、國務院國資委***同頒布，出臺時間在後，並且其明確規定了“現行企業國有資產交易監管相關規定與本辦法不壹致的，以本辦法為準。”即當《政府投資基金暫行管理辦法》關於國有資產交易的規定與32號令不壹致的，應當以32號令為準。此外，國家發改委於2016年12月30日出臺的《政府出資產業投資基金管理暫行辦法》也並未對退出有例外性規定。
所以，政府投資基金的份額對外轉讓需要按照國有企業增資擴股、股權轉讓流程，需要進行按照流程向相關國有資產主管部門進行審批備案，並配合出讓的國有基金需要進行資產評估，最後在產權交易機構公開完成轉讓。
1、受讓方為國有企業或國有屬性基金：受讓方配合出讓的政府投資基金進行資產評估，產權交易機構公開完成轉讓，並需向其主管部門審批或備案登記。
2、受讓方非國有企業且非國有屬性基金:受讓方只需配合出讓的政府投資基金進行資產評估，於產權交易機構公開完成轉讓，無需向其主管部門審批或備案登記。