基本醫療保險基金支出指按照國家政策規定的開支範圍和開支標準從社會統籌基金中支付給參加基本醫療保險的職工和退休人員的醫療保險待遇支出，和從個人帳戶基金中支付給參加基本醫療保險的職工和退休人員的醫療費用支出，以及其他支出。包括：住院醫療費用支出、門急診醫療費用支出、個人賬戶基金支出、其他支出。基本醫療保險基金支出是指基本醫療保險基金在支付過程中開支的各項支出。基本醫療保險基金支出的核算，也是社會保險基金會計核算的壹項重要內容。通過基金的核算，能夠全面地反映基金的流向及金額，為考核和分析基金預算執行情況，加強基金支出管理、保證基金的安全運作提供有用的會計信息。[1]
(1)支出的種類及內容。
基本醫療保險基金支出包括基本醫療保險待遇支出(即基本醫療保險統籌基金支出和醫療保險個人賬戶基金支出)、轉移支出、補助下級支出、上解上級支出及其他支出。
(2)支出類會計科目的設置。為了總括的反映基本醫療保險基金的支出情況，新會計制度設置了兩個總賬科目：
1)“基本醫療保險統籌基金支付”科目：核算應由基本醫療保險統籌基金開支的各項支出，本科目下設四個明細科目：①“醫療保險待遇支出”明細科目，核算按規定在基本醫療保險統籌基金支付範圍以內，並在起付線以上、最高支付限額以下由基本醫療保險統籌基金支付的醫療費支出；②“上解上級支出”明細科目，核算下級經辦機構上解上級經辦機構的基本醫療保險基金補助支出；③“補助下級支出”明細科目，核算上級經辦機構撥付給下級經辦機構的基本醫療保險基金補助支出；④“其他支出”明細科目，核算經財政部門核準開支的除上述支出以外的其他支出。
2)“醫療保險個人賬戶基金支出”科目：核算按規定應由醫療保險個人賬戶開支的各項支出。本科目下設兩個明細科目：①“醫療保險待遇支出”明細科目，核算按規定由醫療保險個人賬戶基金開支的醫療費支出；②“轉移支出”明細科目。核算保險對象跨統籌地區流動，其醫療保險個人賬戶基金隨同轉出的支出。
3)支出的賬務處理。下面就支出的賬務處理逐壹說明。