陳芳教授在國內率先開展了腎母細胞瘤的分子生物學特征和臨床預後的研究文章，並獲得了中華小兒外科學會中青年優秀論文獎。在小兒全胃腸外營養的基礎和臨床研究方面也有壹定成果，第二項獲國家教委衛生部和上海市科技進步三等獎。1997期間，獲國家獎學金基金在哈佛醫學院和波士頓兒童醫學做訪問學者。師從國際知名教授Anthony Acala研究泌尿器官組織工程，利用細胞基質進行尿道重建的實驗和臨床研究取得成果。兩年時間，在國際主流泌尿學期刊《泌尿學與泌尿學雜誌》上發表了三篇文章。1999獲上海市優秀青年醫生“銀蛇獎”二等獎。
回國後，陳芳教授主要負責小兒泌尿外科的臨床工作，並在國內率先開展Snodgrass尿道成形術，取得了良好的效果。在嬰幼兒膀胱鏡應用方面，以後尿道瓣膜切除和腫瘤組織活檢為重點的工作水平達到國內領先水平。為了提高病兒的藥理，在醫院領導的支持下，格式化了小兒泌尿外科常見疾病的病史，完善了術後管理流程，提高了工作效率。科研方面，目前主要負責上海市教委重點項目“細胞基質工程輸尿管的實驗研究”和國家自然基金資助項目。
陳芳教授在國內外核心期刊上以第壹作者發表論文15篇，其中SCI收錄5篇。參與撰寫《吳階平與小兒泌尿外科》泌尿外科專題，並應邀在世界兒科大會和亞太地區小兒泌尿外科年會上作專題發言。
擅長泌尿系統畸形的矯正和重建，如重復腎、腎積水、輸尿管積水和囊腫、膀胱輸尿管反流、尿道下裂和尿道上裂等。擅長治療泌尿系統腫瘤，如腎母細胞瘤、膀胱橫紋肌肉瘤等。擅長泌尿外科內鏡手術，如尿道瓣膜切除術、膀胱腫瘤切除術、腹腔鏡腎切除術等。