老洛克菲勒本人相信健康為人類福利之本，發展醫學可以解決壹切問題，弗雷德裏克·蓋茨更是壹個醫學迷，所以洛克菲勒早期幾乎全部工作都在這方面，在教育方面的特色也是發展和改善醫學教育。在基金會成立之前，洛克菲勒已經有壹個衛生委員會，進行鉤蟲病防治工作。1913年註冊之後第壹個重要行動就是在基金會之下建立國際衛生部，把這壹委員會合並進來。顧名思義，從壹開始，洛克菲勒的意圖就是把此項工作國際化。第壹項任務就是把它發起的防治鉤蟲病和公***衛生的工作向全世界推廣。1917年，洛克菲勒任董事長，會長為文森特。在他任期的十年內基金會的工作有很大成績，其中國際衛生部是最大的重點。防治鉤蟲病的工作遍及六大洲62個國家，以後又發展到瘧疾、傷寒的防治，取得相當大的成績。與此同時，在美國和其他國家建立常設公***衛生機構，從事更加廣泛的公***衛生工作。相應地，又在美國和世界各國培訓公***衛生醫務人員。另壹項工作是提高醫學水平。卡耐基基金會資助了壹項旨在改進美國醫學教育的調查，產生了有名的弗萊克斯納報告，與歐洲先進國家相比較，全面指出美國的弱點。壹戰結束後，洛克菲勒基金會在這項報告的基礎上與先此成立的“教育總會”合作，在美國和其他國家展開改進醫學教學和建立高水平的醫學院的努力。美國約翰·霍普金斯醫學院是這壹努力成功的標誌，代表了當時美國最高的醫學教育水平。在國外包括英、法、比、加拿大以及拉美、中東和東南亞壹些地區。從1917年至1928年，基金會在歐、美、加為此項工作***付出4000萬美元，還有1000萬美元 用於美國中等醫校和公***衛生。眾所周知，在中國建立的著名的協和醫學院及其附屬醫院就是洛克菲勒基金會這壹時期在海外頭等重要的項目，也是洛氏的得意傑作之壹。1929年接任的會長為前芝加哥大學校長、數學物理學家梅森。此後，陸續成立了醫學科學部（前身為醫學教育部）、自然科學部、社會科學部和藝術人文部等。基金會資助的項目仍然以醫學科學為主，逐步擴大到其他領域。洛克菲勒基金會支持的單項研究所取得的成果不計其數，壹般說來都帶有開創性。1928年英國人弗萊明在發明青黴素的研究過程中也得到洛克菲勒基金會的資助。這些成果把美國和世界的醫療水平向前推進壹大步。1932年，基金會還首先進行工業醫療（即職業病）和精神病的研究，這些學科在當時還剛剛起步。洛克菲勒醫學院成立之初的短短幾年中就在流行性腦膜炎、小兒麻痹、黃熱病和梅毒的研究上取得了突破性的成果。1937年，國際衛生部宣布成功地分離出黃熱病的疫苗（在二戰中洛克菲勒基金會在其實驗室中制作出3400萬份此類疫苗無償獻給政府以供軍隊使用）。1939年巴西流行某種特殊的瘧疾，不久即在基金會幫助下得到控制。1940年的重大成績是緩解了在全世界流行的傷寒病。其他如遺傳學、生物物理和生物化學，以及研究儀器的改進和發明如探測鏡、X光分解儀等都是在基金會支持下取得突破性成果。洛克菲勒基金會對科學，特別是醫學和農學的重視始終壹貫，並將這方面的科研與在世界各地的扶貧工作結合起來。早期醫療衛生方面驕人的成績使國際衛生部壹度成為洛克菲勒基金會的中心而受到其他部門的詬病，認為洛克菲勒為醫學科學家所掌握而忽視了其他方面的工作。隨著形勢的變化和人事變動，工作重點逐漸轉移，但是醫療衛生始終是其關註點之壹。洛克菲勒基金會所創立的國際衛生部的模式及其工作項目帶有榜樣性質。1948年聯合國世界衛生組織成立，逐步接管原來洛克菲勒基金會所從事的工作領域；1950年，美國政府成立國家科學基金會、國家衛生研究所，其資助科研的領域和工作方式也是沿用洛克菲勒基金會的模式，甚至接過其項目。1951年，洛克菲勒基金會國際衛生部關閉，其著名的病毒研究所和人員轉到耶魯大學。在這以後，基金會通過資助世界衛生組織來實現其原來的目標，直到世紀末仍然如此，基金會稱之為“洛克菲勒—世界衛生組織互補戰 略”。多年來，基金會對世界衛生組織的計劃生育、疫苗接種、避孕藥的研究和熱帶病防治等都有所捐助。1997年世界衛生組織新主任布倫德蘭上任，基金會宣布出資250萬美元建立壹項全球衛生領導基金，供主任在全世界遴選各個學科的10名專家，任期1至2年；這壹基金也用於“爭取全球健康平等”。此項目致力於縮小發達與不發達國家的健康水平和平均壽命之間的差距，也包括縮小發達國家壹國之內貧富人群之間的健康差距。該項目主要從三方面著手：（1） 協助貧困國家建立和改進衛生體制，加強利用信息、發現問題和解決問題的能力；（2） 加強宣傳教育，引起公眾對與健康有關的新問題的關註和政府的承諾，如環境、吸煙、艾滋病、抗藥性結核病等；（3） 加強對貧困人口多發病（如瘧疾、結核等）的藥物研究和開發，並向發展中國家轉讓，以補救藥物價格昂貴造成的困難。