港口建設費用征收仍維持現行辦法不變。第三條 港口建設費納入政府性基金預算管理，專款專用，年終結余結轉下年度繼續使用。第四條 各地港口建設費征收單位應按照交通部的有關規定將征收的港口建設費及時匯交到交通部，交通部向財政部申報征收情況，並填制壹般繳款書，以財政部指定的預算科目於每月的月中、月末分兩次將各地征收單位匯交的港口建設費在北京集中繳入中央國庫。
繳入中央國庫的港口建設費，由交通部按照經國家批準的使用計劃向財政部申請撥款，財政部根據港口建設費的入庫情況及時辦理撥款手續。交通部收到財政部的撥款後應按照國家規定的用途及時撥付到項目建設單位和用款單位。
有關匯交和下撥港口建設費的開戶銀行以及帳號的設置，由交通部商財政部確定。第五條 港口建設費實行財政預、決算審批制度。交通部應於每年12月10日前按照國家規定編制下年度港口建設費收入和支出計劃，報經財政部批準後實施。屬於基本建設用途的，由財政部按計劃部門批準的項目計劃安排支出。年度終了3個月之內交通部應編制上年度港口建設費收入和支出決算，並報財政部審批。港口建設費收入支出情況的預、決算報表格式和編制方法由財政部商交通部另行制定。第六條 港口建設費應全部用於水運基礎設施建設，主要包括：
港口建設支出；
航運支持保障系統的項目建設；
專項性支出，包括：代征單位分成資金支出，內河航運建設基金支出，周轉性借款支出等。
國務院和財政部批準的其他支出。第七條 港口建設費用於建設的投資安排應嚴格按照國家有關基本建設管理的規定和程序辦理。
有關港口建設費征收分成資金支出、周轉性借款支出、內河航運建設基金支出的具體管理辦法由財政部商交通部另行制定。第八條 港口建設費（扣除按規定允許作為費用列支的部分）作為國家對港口建設費使用單位的國家資本金投入。第九條 港口建設費征收部門收取港口建設費時必須使用財政部統壹監制的專用收費票據。港口建設費專用收費票據管理辦法由財政部商交通部另行制定。第十條 港口建設費的征收、管理和使用應接受國家財政、審計等部門的監督。凡未經國務院批準，將港口建設費挪作他用的，壹律按違反財經紀律論處。第十壹條 本辦法自1997年1月1日起執行。此前下發的有關港口建設費管理規定與本辦法不壹致的，壹律執行本辦法的規定。第十二條 本辦法由財政部負責解釋。