技術轉讓項目:冬蟲夏草深層發酵研究及產業開發(2011)；
中國科學院知識創新工程重要方向項目:冬蟲夏草原生境資源保護及人工繁殖技術研究(2010-2012)；
中國科學院生物多樣性委員會物種2000中國節點建設項目:真菌物種名錄數據庫建設(2010-2012)；
國家自然科學基金特別基金項目:神奇真菌(2010-2012)；
國家自然科學基金面上項目:靈芝的系統發育研究(2010-2012)；
中國科學院知識創新工程重要方向項目:食藥用真菌與應用真菌網絡實驗室(2010)；
冬蟲夏草半人工栽培關鍵因素研究(2008-2009年)；
北京市科委科普項目:菌物世界科普教育平臺建設(2008)；
國家自然科學基金特別基金項目:微生物世界(2008-2009)；
國家科技支撐計劃項目:促進冬蟲夏草真菌發展優勢的活性因子及殺菌劑研究(2007-2010)；
國家自然科學基金面上項目:鵝膏菌屬的系統研究(2007-2009)；
國家自然科學基金面上項目:口蘑科系統發育研究(2005-2007)；
國家自然科學基金面上項目:中國靈芝的分子系統學(2003-2005)；
科技部國際科技合作重點項目計劃:松茸及其相關類群的起源、分化和系統發育重建(2002-2007)；
中國科學院創新工程重要方向:重要微生物類群的系統發育重建與分子進化(2001-2004)；
教育部留學回國人員啟動基金:中國人工培養冬蟲夏草及其近緣種的分子鑒定(2001)；
國家自然科學基金傑出青年基金:中國部分大型經濟真菌的分子系統學研究(2001-2004)；
中國科學院“百人計劃”:真菌分子系統學(2000-2003)。