基金持有份額變少不是虧損了，可能是因為基金合並、基金下折、申購基金扣除手續費導致基金實際買入份額減少。
1、基金合並。
基金合並是指基金份額的持有人將其持有的壹定比例的子基金份額申請轉換為母基金，合並基金份額並提高基金單位凈值的行為。比如說，投資者要將手中持有的A基金和B基金進行合並，合並成母基金後，投資者持有的基金總份額會變少，凈值會增加，投資者沒有虧損。
基金合並這種情況多存在分級基金中。母基金下面有很多的子基金，若母基金的收益好或者母基金的估值偏低，投資者可以買入、合並子基金，最後贖回母基金，換取高收益。
基金合並流程：①T日，買入子基金；②T+1日，合並子基金；③T+2日，贖回母基金。
2、基金下折。
基金下折壹般是指分級基金的B類子基金份額在凈值持續下降，為了保證A類子基金份額的本金和預期收益安全，按照壹定的比例向下進行折算。我國目前發生基金下折壹般是由於分級B類基金的凈值小於0.25。基金下折後，母基金、子基金的份額凈值歸為1元，子基金的份額進行配對之後剩余的部分將轉換成母基金場內份額，投資者持有的基金份額會相應縮減，但是總資產不變。
基金下折流程：①T日，當B類基金的份額凈值低於壹定價格時（壹般是0.25元），觸發基金下折；②T+1日，母份額基金暫停申購贖回操作，A類基金和B類基金的份額上午停盤1小時後復牌，持有B類基金份額的投資者參與下折；③T+2日，母基金將暫停申購贖回操作，A類基金和B類基金的份額也暫停交易；④T+3日，母基金恢復各項業務，A類基金和B類基金份額停盤1小時後復牌交易。
3、申購基金扣除手續費導致基金實際買入份額減少。
投資者申購基金時，需要繳納申購費、托管費、管理費等手續費，因此實際用於購買基金份額的資金會減少，這樣投資者最後持有的基金份額就比預計持有的基金份額要少了。
基金份額凈值減少的情況：
如果基金的份額凈值變小了，可能是進行了基金拆分。基金拆分是指在保持基金投資人資產總值不變的前提下，改變基金份額凈值和基金總份額的對應關系，重新計算基金資產的壹種方式。基金拆分後，原來的投資組合不變，但是基金的份額增加，單位份額的凈值就減少。