壹是服務對象不同。
新三板主要是為創新型、創業型、成長型中小微企業發展服務。這類企業普遍規模較小，尚未形成穩定的盈利模式。在準入條件上，不設財務門檻，申請掛牌的公司可以尚未盈利。
只要股權結構清晰、經營合法規範、公司治理健全、業務明確並履行信息披露義務的股份公司均可以經主辦券商推薦申請在全國股份轉讓系統掛牌；
二是投資者群體不同。
我國交易所市場的投資者結構以中小投資者為主，而全國股份轉讓系統實行了較為嚴格的投資者適當性制度，未來的發展方向將是壹個以機構投資者為主的市場。
三是全國股份轉讓系統是中小微企業與產業資本的服務媒介，主要是為企業發展、資本投入與退出服務，不是以交易為主要目的。
針對自然人投資者，將從財務狀況、投資經驗、專業知識三個方面嚴格準入條件，提高投資者準入門檻。不符合適當性要求的個人投資者可以通過專業機構發售的基金、理財產品等間接投資於掛牌公司。
“新三板”公司可直接轉板至證券交易所上市
證監會表示，《國務院發布關於全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》要求建立不同層次市場間的有機聯系，就是要使得交易所市場、全國股份轉讓系統和區域性股權轉讓市場之間形成上下貫通、有機聯系的統壹整體。
因此，全國股份轉讓系統的掛牌公司可以直接轉板至證券交易所上市，但轉板上市的前提是掛牌公司必須符合《證券法》規定的股票上市條件，在股本總額、股權分散程度、公司規範經營、財務報告真實性等方面達到相應的要求。
建立便捷高效的轉板機制後，企業就可以根據自身發展階段、股份轉讓和融資等方面的不同需求，自由選擇適合的市場，進壹步發揮資本市場優化資源配置的作用。
北京證券交易所（簡稱北交所）於2021年9月3日註冊成立，是經國務院批準設立的我國第壹家公司制證券交易所，受中國證監會監督管理。經營範圍為依法為證券集中交易提供場所和設施、組織和監督證券交易以及證券市場管理服務等業務。
設立北京證券交易所的核心目的便是為創新型中小企業打通直接融資渠道，讓廣大的投資者擁有投資參與分享創新型中小企業快速成長的紅利。
北交所成立後，意味著我國從北到南將依次擁有北交所、上交所與深交所三大證券交易所，貫穿華北、華東以及華南三大地區和環渤海、長三角、珠三角三大國家經濟區域。
壹板市場通常是指主板市場（含中小板），二板市場則是指創業板市場。相對於壹板市場和二板市場而言，有業界人士將場外市場稱為三板市場。
三板市場的發展包括老三板市場（以下簡稱“老三板”）和新三板市場（以下簡稱“新三板”）兩個階段。老三板即2001年7月16日成立的“代辦股份轉讓系統”；
新三板則是在老三板的基礎上產生的“中關村科技園區非上市股份公司進入代辦轉讓系統”。股份有限公司申請股票在新三板掛牌，不受股東所有制性質的限制，不限於高新技術企業，應當符合下列條件：1、依法設立且存續滿兩年。有限責任公司按原賬面凈資產值折股整體變更為股份有限公司的，存續時間可以從有限責任公司成立之日起計算；
2、業務明確，具有持續經營能力；
3、公司治理機制健全，合法規範經營；
4、股權明晰，股票發行和轉讓行為合法合規；
5、主辦券商推薦並持續督導；
6、全國股份轉讓系統公司要求的其他條件。
法律依據：《全國中小企業股份轉讓系統業務規則（試行）》第2.1條（壹）依法設立且存續滿兩年。有限責任公司按原賬面凈資產值折股整體變更為股份有限公司，存續時間可以從有限責任公司成立之日起計算；
（二）業務明確，具有持續經營能力；
（三）公司治理機制健全，合法規範經營；
（四）股權明晰，股票發行和轉讓行為合法合規；
（五）主辦券商推薦並持續督導；
（六）全國股份轉讓系統公司要求的其他條件。