2013年11月13日，支付寶手機支付用戶超1億，“支付寶錢包”用戶數達1億，支付寶錢包正式宣布成為獨立品牌。
2013年11月30日，12306網站支持支付寶購買火車票。
2013年12月31日，支付寶實名認證用戶超過3億。
2013年，支付寶手機支付完成超過27.8億筆，金額超過9000億元，成為全球最大的移動支付公司。
來自艾瑞咨詢的數據顯示，自2013年第壹季度以來，支付寶在移動互聯網支付市場份額從67.6%逐步提升至78.4%，居第壹。
截至2013年底，支付寶實名認證的用戶數超過3億。2013年，支付寶單日交易筆數的峰值達到1.88億筆。其中，移動支付單日交易筆數峰值達到4518萬筆，移動支付單日交易額峰值達到113億元人民幣。
2014年2月28日，余額寶用戶數突破8100萬。
2014年3月20日，支付寶每天的移動支付筆數超過2500萬筆。
2015年，支付寶錢包8.5版，在錢包“探索”二級頁面下，多了壹個“我的朋友”選項卡，在進入轉賬界面後，就可以和對方直接發送文字、語音、圖片等信息。
2015年5月27日，支付寶出現大規模故障。回應：杭州光纖被挖斷 。
2015年7月8日，支付寶發布最新9.0版本，加入了“商家”和“朋友”兩個新的壹級入口，分別替代“服務窗”與“探索”，由此切入了線下生活服務與社交領域。此外，還增加了親情賬戶、借條、群賬戶等壹系列功能。
2015年9月25日起，支付寶和麥當勞進行大數據合作，全上海地區的麥當勞將可使用支付寶支付，並將進壹步推廣至全國門店。
2016年1月12日，螞蟻金服對外發布2015年支付寶年賬單。賬單顯示，2015年互聯網經濟繼續保持高速增長。
2016年5月20日，三星移動支付服務Samsung Pay和支付寶正式宣布合作，用戶可以在三星手機上通過上滑屏幕的方式快速調出支付寶的支付界面。
2016年11月，蘋果App Store應用商店新增“支付寶”支付方式。中國大陸用戶已經能在App Store的付款方式和充值兩個地方看到支付寶的加入，可以用於購買應用，給賬戶充值，或給Apple Music等訂閱服務付費等。
2016年9月12日，支付寶發布公告，自2016年10月12日起，支付寶將對個人用戶超出免費額度的提現收取0.1%的服務費，個人用戶每人累計享有2萬元基礎免費提現額度。