1、研究方向不同
理論經濟學，顧名思義比較側重於經濟理論問題的研究。應用經濟學，是比較側重於實際應用的學科。
2、學科不同
理論經濟學中西方經濟學和政治經濟學值得推薦，其他幾個二級學科實際上屬於冷門，報考人數很少。應用經濟學中金融學和國際貿易學是極其熱門的學科，財政學、產業經濟學、數量經濟學、統計學也廣受關註。
3、作用不同
理論經濟學主要是為各個經濟學科提供基礎理論，這門專業是經濟學的基本概念和基本原理，發掘經濟運行和發展的規律。應用經濟學則主要是應用理論經濟學的基本原理研究國民經濟各個部門、各個專業領域的經濟活動和經濟關系的規律性等。
擴展資料：
應用經濟學發展前景
應用經濟學專業畢業的學生未來的職業主要集中在經濟政治和經濟規劃領域，不過也可能進入職業教育規劃、地區和組織規劃領域，會計和財政領域，統計部門，或者執行其他的管理職能。
除了大型工商業企業外，國民經濟學畢業生通常也可以進入國家和國際性的政府機構和協會工作。當然進入銀行及聯邦和各州政府機構工作也不無可能。
應用經濟學專業畢業的學生未來的職業主要集中在經濟政治和經濟規劃領域，不過也可能進入職業教育規劃、地區和組織規劃領域，會計和財政領域，統計部門，或者執行其他的管理職能。
參考資料：
百度百科—理論經濟學
百度百科—應用經濟學