目前，我國博士教育的經費主要包括生活補助、科研經費、獎學金、培訓撥款、研究撥款、出國訪問、教育基金等部分，但數量上嚴重不足。
第壹，博士生生活補助水平較低。學位制度建立之初，國家對博士生補助非常重視，博士生的補助水平相當於當時的五級工資標準，與當時生活水平、工資標準比較，相對較高。中科院教授王錚回憶說：“1989年我作為博士研究生收入是91元，這比壹般人高，他們是每月78元。”但是，自20世紀90年代開始，隨著市場經濟的逐步建立和分配體制的改革，人民的收入水平和生活水平快速提高，而博士生資助標準變化不大，博士生補助水平與工資水平的距離逐漸拉開。據中國統計年鑒的相關數據，2006年城鎮居民家庭中等偏下戶的平均每人全年消費性支出為6108.33元，而目前博士生補助水平大約為每人每年6000元，可見，博士生補助水平非常低，只能勉強滿足基本生活需要。中國學位與研究生教育發展報告課題組（2006年）對博士研究生的經濟收入和開支情況調查顯示，大部分博士生支出高於收入，熟悉博士生生活狀況的博士生導師也認為，博士生中經濟困難者占有較大比例。
第二，科研經費嚴重不足。我國高校博士生資助經費主要來源於國家下撥的獎學金經費（主要是普通獎學金的方式），因此，目前積極推動的以科研資助為主的資助體系的資助力度不大，資助金額有限。“壹方面，由於導師科研經費數量不足，博士生從這壹渠道獲得的科研資助比較少；另壹方面，我國研究型大學為博士生設立的助研、助教、助管崗位普遍不足，加上我國很多大學的財務制度中缺乏明確規定，或者資助標準較低。因此，盡管幾乎所有博士生都參與導師的科研課題研究，但並不是都能拿到助研工資，能夠從助教、助管崗位拿到穩定工資收入的博士生為數也很少。”（摘自教育部原部長周濟的講話）獎學金方面，不少高校的獎學金已經失去了其獎學功能和對學生學習的激勵作用，變味為助學金，幾乎人人有份。這種資助結構體系沒能體現資助的初衷，也難以發揮各種資助方式的作用。
第三，從資助結構來看，文科博士生資助狀況令人擔憂。通過對大連五所大學的歷史、金融、社會、經濟、會計五大院系全日制博士生收入調查發現，各學校基本上每月發放國家補助的350元和學校補助的240元。科研經費方面，歷史系博士生的科研經費幾乎沒有，金融學和會計學專業學生平均每月能拿到200元左右。相比之下，理工科的科研經費要高很多，基本上每月都能拿到1000元以上的科研經費。這在壹定程度上反映出現行體制下不同專業的博士生經濟資助水平差別較大，文科博士生的資助狀況更令人擔憂。
第四，國家留學基金委員會每年都會公派壹部分博士生進行出國訪問，國家負擔全部的費用，可是名額極其有限，只有極個別的博士生能夠獲得這個資格，資助可謂是微不足道了。
教育科研能力不足，與實際相差甚遠
科研經費的嚴重不足，直接導致教育科研能力下降。理工科的科研經費要導師自己解決，這種狀況導致了“教授像商人”現象的蔓延。在發達國家這種狀況有所不同，教授有國家撥款的教育經費支持，如果教授能夠做出成果，進行成果轉化，將得到更多經費的支持。
博士生導師壹般壹年帶2～3名博士生，主要任務是跟其做課題。壹般來說，社科類的課題項目比較少，文科類博士生幾乎沒有課題可做，從而無法鍛煉博士生的動手能力和寫作能力。全國政協委員、安徽大學副校長韋穗表示，由於科研項目數量有限，不少博士生從事的科研方向並不是學科前沿的研究工作，有的則長時間局限在壹些低水平橫向開發項目上。好不容易申請下來壹個科研項目，由於經費的限制，相關的研究只能是閉門造車，沒有實際的調研支持，導致科研成果不符合實際狀況，重復建設現象嚴重，導師和博士生花費大量時間研究出來的成果只能束之高閣，毫無用武之地。 博士培養評價機制不符合教育規律，如各高校普遍存在的強制發表論文制度，除學位論文外，必須在所謂核心期刊上發表數篇論文。將論文數量作為惟壹的考核指標，導致的直接後果就是大家都在湊夠要求的數量，論文抄襲現象屢見不鮮，虛假論文遍地飛，粗制濫造現象嚴重。
新形勢下博士生教育體制改革的政策建議明確博士生的定位，還原大學的學術價值
國家、社會對博士人才的要求是什麽？教育學者熊丙奇指出，今天國內的博士教育，其首要功能不是培養學術人才，而是滿足社會對“具有博士學位人才”的需要，就是對“博士頭銜”的畸形需要，這導致博士教育規模迅速擴大，而質量急劇下滑。因此，當前最需要解決的問題，是讓博士教育只保留“不起眼”的學術功能，從根本上把大學“還原”為教育機構、學術機構，只追求教育價值和學術價值。根據學科性質，博士生教育應該是“象牙塔”裏的科研學術訓練，而不是大眾教育。我們必須明確博士研究生教育的培養目標，博士生教育應以培養學術性人才為主，重視理論性、基礎性學科的人才培養，而不是應用型人才的培養。因此，博士生教育與碩士生教育的學科結構應該具有壹定的差異性。目前我們所授予的碩士學位與博士學位，二者的學科結構很接近。這種結構雷同，壹方面說明了博士生教育要以碩士研究生教育為基礎，但從另壹方面來說，也沒有真正體現博士生培養目標與碩士生培養目標的不同。博士的就業領域應該以研究和教學為主，美國70%以上的博士畢業後從事科研和教學工作，2006年我國博士生畢業後從事教學與科研工作人數的比例僅為46%。該比例的下降說明更多博士進入其他領域就業，這與博士培養初衷有所偏離，也從另外壹個角度說明我國博士增長速度較快和結構的不合理。按照“研究者”來定位博士生，那麽博士生就應該獲得相應的工資，就應該具有“指導教師的科研合作夥伴”的地位。如此，他們在經濟上就能夠自主，在科研上就可以獨立進行研究課題的規劃和設計，在研究的道路上就能夠更自由地進行探索，博士生創新的限制性因素就可以大大降低。
加大博士教育的投入，多元化投入來源
中國有句俗語“重賞之下，必有勇夫”，政府應設立面向博士研究生的獎助學金，包括學費和生活費兩部分，大幅增加國家對博士生教育的撥款額度。國家作為博士生教育的主要受益方，應擔當主要資助責任。在資助對象上，政府應給予基礎研究和人文社會學科更多的政策傾斜，以扶持這些學科的發展。
現在國家資助的科研課題壹般只有資料費、設備費等，而沒有“科研人員工資”的財政預算。目前，我國高校博士研究生“三助”崗位的津貼主要由學校籌集資金予以解決，高校財力的有限決定了崗位工資都不高，壹般是每人每月300元左右。各學校獎勵資助增加部分，主要是由學校和導師***同出資，其中，學校承擔絕大部分，導師從其科研經費中抽出部分給予補充，但各個高校能籌措到的經費畢竟有限，其效果如何也就可想而知了。因此，應改變我國目前博士研究生“三助”報酬偏低的狀況，推進科研撥款體制改革。政府資助的研究課題應設立“人頭費”項目，並建立相關制度來規定勞動報酬在整個科研經費中的合適比例，使為博士生的科研支付勞動報酬有章可循。 采取有效措施，提高博士論文的質量。以課題為依托，考核博士生的方法掌握情況。博士論文的研究和寫作，是訓練博士生獨立學習，以及從事研究工作所需要的邏輯思維能力與嚴謹求實作風的手段。博士論文的題目選定、框架及實驗設計、資料收集與處理等階段，都是訓練博士生獨立進行科學研究的重要環節。
將學術訓練作為評價博士生的主要標準，改變現有的以論文數量為指標的標準。針對“學術不端行為”進行嚴厲的懲罰，並且導師應該負有主要的責任。實施博士論文答辯的匿名評審制度，規定每壹位博士生答辯必須要求有若幹位相關領域的外校博士生導師參加現場的答辯會，並提出相關的前沿問題。將硬性的論文數量轉變為軟性的相關專業人士的現場答辯，把論文答辯作為評價其是否能夠畢業的主要標準。
重視產業部門的博士生培養能力
長期以來，我國產業界的博士生培養能力壹直為人們所忽視。我國的大型國有企業不乏壹些高水平的科技和管理人才，他們不僅擁有較雄厚的本學科知識，而且也有豐富的實踐經驗，有較強的研究、開發和利用先進技術和設備的能力，這是壹筆潛力巨大而且條件優越的教育資源。這些企業如果采取與高校、科研部門聯合，或者為其單獨設立學位授予點的方式，不僅可以為我國研究生規模的擴大開辟壹條有效的渠道，而且也有利於緩解我國應用型高層次人才不足的問題。更為重要的是，可以充分發揮我國產業界對專業型博士的培養能力，通過博士生的培養來增強企業的“造血”功能。當今許多發達國家，如英國的企業與大學聯合培養研究生，美國廣泛開展的“合作”教育或稱工業與大學的聯合體，以及日本的向社會聘任導師等做法，都為我們提供了許多很好的範例。