全市統壹參保項目、繳費辦法、待遇標準、信息管理、就醫管理、基金管理、經辦模式、監管機制。建立權責明確、科學高效，方便群眾看病就醫，增強基金抗風險能力的醫療保險管理新體制。
1．統壹參保項目。
城鎮職工醫療保險市級統籌參保項目包括城鎮職工基本醫療保險、城鎮職工大額互助醫療保險和農民工大病醫療保險。
2．統壹繳費辦法。
全市統壹參保繳費標準和繳費年限要求，城鎮職工醫療保險費統壹由地方稅務機關征收。
3．統壹待遇標準。
全市執行統壹的城鎮職工醫療保險待遇政策。
4．統壹信息管理。
以現行城鎮職工醫療保險市級統籌區信息系統為基礎，擴大容量，完善功能，提高運行速度，建設覆蓋全市醫療保險經辦機構、基層業務辦理平臺、定點服務機構（定點醫療機構、定點藥店等，下同）以及參保人員參保和就醫管理環節的醫療保險信息網絡平臺和結算平臺，並逐步實現與衛生、公安、民政等部門相關信息系統的信息數據資源***享。
統壹發行和使用全國通用標準的社會保障卡，實現參保人員持社會保障卡在全市範圍內就醫、購藥實時結算。
5．統壹就醫管理。
全市統壹藥品和醫療服務項目目錄，簡化和完善管理辦法；統壹定點服務機構的審批、監督管理和結算管理辦法，建立風險***擔機制；統壹對特殊疾病門診病種的管理；統壹就醫管理模式。參保人員在全市定點醫療機構門診就醫、在參保所在區縣（自治縣）各級定點醫療機構和市內其他二級及二級以下定點醫療機構住院，由本人自主選擇。在市內非參保所在區縣（自治縣）三級定點醫療機構住院，應報經參保所在區縣（自治縣）醫療保險經辦機構同意；未經同意的，住院起付線提高5%，同時報銷比例下降5%。其中，主城9區的參保人員在主城9區內的定點醫療機構住院，仍由本人自主選擇。
因病情需要轉往市外定點醫療機構就診的，需由市內三級定點醫療機構出具轉診轉院手續，並報參保所在區縣（自治縣）醫療保險經辦機構審批同意。
在市外長期居住的參保人員，可報經參保所在區縣（自治縣）醫療保險經辦機構同意，在居住地選擇當地醫療保險定點醫療機構就醫。若突發疾病需要在市外醫療機構就醫的，應在入院後5個工作日內向參保所在區縣（自治縣）醫療保險經辦機構報告並辦理相關手續，就醫醫院原則上應為當地醫療保險定點醫療機構（急診、危重病搶救除外）。對辦理了上述相關手續的參保人員，其醫療費用按我市城鎮職工醫療保險相關規定報銷。未報經參保所在區縣（自治縣）醫療保險經辦機構同意的，按我市同級定點醫療機構住院標準，起付線提高5%，同時報銷比例下降5%。
6．統壹基金管理。
城鎮職工醫療保險基金實行全市統壹管理、核算和撥付使用。通過對區縣（自治縣）基金征收、醫療費用控制、基金監管的指標考核，建立市、區縣兩級政府風險***擔機制。
基金納入財政專戶，實行收支兩條線管理，專款專用。各區縣（自治縣）參保單位和參保人員繳納的基本醫療保險費、大額互助醫療保險費、農民工大病醫療保險費統壹上劃市財政專戶。
各區縣（自治縣）基本醫療保險納入市級統籌前，要進行基金審計，確保基金安全。對欠費要及時完清。
以各區縣（自治縣）正式納入市級統籌的上月月末之日為期，區縣（自治縣）醫療保險基金滾存結余（包括基本醫療、大額互助醫療、農民工大病醫療）全額劃轉市財政部門指定的醫療保險基金市財政專戶。各區縣（自治縣）醫療保險基金滾存結余由本級人力社保部門報同級財政部門審核後，***同上報市人力社保局，經市人力社保局審核後報市財政局審批。經審批同意的滾存結余指標，各區縣（自治縣）主要用於彌補本區縣（自治縣）應當負擔的醫療保險基金差額和缺口。
7．統壹經辦模式。
醫療保險經辦機構實行分級管理，市級、區縣級醫療保險經辦機構歸同級人力社保局管理，辦公經費由同級財政保障。
現屬重慶市醫療保險管理中心垂直管理的主城9區各分中心的編制以及人、財、物，於2011年年底前下劃所在區人力社保局管理，下劃時統壹核定9區累計結余基金基數。具體下劃方案另行制訂。
8．統壹監管機制。
逐步建立和完善全市統壹的監管機制。逐步建立全市聯網的定點服務機構、參保人就醫管理，醫療服務人員用藥處方的監管和預警機制。加強對醫療保險經辦機構的管理，確保基金安全有效運行。 1．市政府及其有關部門。
負責制定全市醫療保險政策；負責全市醫療保險基金統壹管理、監督；負責制定全市醫療保險藥品目錄、醫療服務項目目錄的支付範圍和標準；負責制定全市醫療保險基金支付和考核辦法；負責制定全市定點服務機構管理辦法和審批管理工作；負責對全市醫療保險各項業務的統壹管理、指導和監督；負責全市醫療保險基金收支計劃的制定、下達和對區縣（自治縣）實行目標考核等。其中，人力社保部門主要承擔全市醫療保險工作的綜合管理職能；財政部門主要承擔全市醫療保險基金的預算和監督管理職能；地稅部門主要承擔醫療保險基金征收的管理職能；審計部門主要承擔醫療保險基金審計的監管職能；衛生部門主要承擔全市醫療機構（藥店）的綜合管理職能，建立健全衛生服務體系，規範醫療服務行為，為參保人員提供安全、有效、方便、價廉的衛生服務；物價部門主要承擔全市醫療保險相關醫藥價格的監督和管理職能；公安部門主要承擔騙取醫療保險基金違法犯罪案件的偵辦職能；監察部門主要承擔對騙取醫療保險基金違紀違法人員的處理職能。
2．區縣（自治縣）人民政府及其有關部門。
負責本地區醫療保險政策的執行；完成市裏下達的基金征繳、支出和安全管理的目標考核任務；負責按照全市統壹的模式和操作規範組織完成各項業務工作；負責行政區域內定點服務機構的審批和考核管理工作；負責行政區域內醫療保險費用結算管理工作；負責相應醫療保險基金管理工作。各區縣（自治縣）人力社保、財政、地稅、審計、衛生、物價、公安、監察部門按照職能，分別負責行政區域內相應工作。
3．市級醫療保險經辦機構。
負責指導和監督全市醫療保險經辦工作，制定全市醫療保險經辦業務規範；負責制定全市統壹的定點服務機構協議管理辦法，指導各區縣（自治縣）做好行政區域內定點服務機構的審核審批和協議管理工作；負責指導全市經辦機構開展醫療保險費用結算工作，直接承辦市內醫科大學附屬醫院的醫療保險費用的審核、結算和協議管理工作；負責全市醫療保險數據信息的集中統壹管理，醫療保險系統業務需求的報審，指導各區縣（自治縣）做好信息網絡的維護和管理；負責全市醫療保險基金結算匯總和報審工作；負責全市醫療保險基金預決算、征繳計劃和支付計劃以及各區縣（自治縣）完成各項目標考核指標的匯總、審核工作；負責國家、市政府和市人力社保局明確的其他工作等。
4．區縣（自治縣）醫療保險經辦機構。
負責按照全市統壹的政策、操作辦法和業務規範，具體承擔醫療保險經辦業務工作；負責組織制定行政區域內醫療保險征繳計劃和支付計劃；負責行政區域內醫療保險基金預決算報審；負責行政區域內參保人員就醫管理，落實本地區參保人員的醫療保險待遇；具體承擔行政區域內除醫科大學附屬醫院之外的其他定點服務機構的醫療保險費用審核、結算、支付管理工作；負責行政區域內定點服務機構的審核、考核和協議管理工作；負責行政區域內醫療保險信息網絡的維護和管理；負責指導行政區域內街道（鄉鎮）社會保障服務機構開展個人參保人員醫療保險經辦服務工作。 市人力社保局按照社保基金預算管理的要求，根據上年度基金實際收支情況，結合各區縣（自治縣）實際，統壹匯總編制全市醫療保險基金收支預算草案，經市財政局審核後，聯合報市政府批準同意後實施。基金支出實行預撥制度，按照定點服務機構屬地管理原則（其中市內醫科大學附屬醫院由市醫療保險經辦機構負責支付管理），市財政局根據市級醫療保險經辦機構匯總制定的撥付計劃，由市財政專戶按月分別向市級經辦機構和各區縣（自治縣）財政專戶預撥基金，經辦機構支出戶按月向定點服務機構撥付基金。
醫療保險經辦機構采取總額預付、按病種付費、按項目付費等多種形式相結合的結算方式，結合對定點醫療機構的考核辦法和協議管理辦法，與定點醫療機構結算醫療費用。 1．建立市對區縣（自治縣）醫療保險工作的目標考核制度。
每年由市財政局、市人力社保局、市地稅局等市政府有關部門聯合向各區縣（自治縣）下達目標考核任務，對區縣（自治縣）擴面征繳、基金收支預算管理、定點服務機構管理等有關工作實行量化考核，以強化區縣（自治縣）醫療保險管理責任。具體辦法另行制定。
2．超收留存，差額彌補。
每年由市財政局、市人力社保局、市地稅局等市政府有關部門聯合向各區縣（自治縣）下達基金征收任務。對當年度基本醫療保險基金實際征收超過征收任務95%的區縣（自治縣），其超出95%的部分的50%留存區縣（自治縣），用於今後彌補該地區應當負擔的差額和缺口部分。
當年度基本醫療保險基金實際征收低於征收任務95%的區縣（自治縣），其低於95%的差額部分由當地基本醫療保險統籌結余基金支付；統籌結余基金不足以支付的，由區縣（自治縣）政府予以彌補。 各區縣（自治縣）完成目標考核任務後，統籌基金實際支出未超過下達的基金支出指標的，節支部分的60%留存區縣（自治縣），用於今後彌補該地區應當負擔的差額和缺口部分。如果當年出現醫療保險統籌基金實際支出超過下達的統籌基金支出指標的，超支部分由市和區縣（自治縣）***同承擔。區縣（自治縣）承擔部分可由本地區統籌結余基金支付；統籌結余基金不足以支付的，由區縣（自治縣）政府負擔。
按照財政管理體制的分類辦法將區縣（自治縣）分為三類。其中，主城區統籌基金缺口由市級承擔50%，區承擔50%；區域中心城市統籌基金缺口由市級承擔55%，區域中心城市承擔45%；其他區縣（自治縣）統籌基金缺口由市級承擔60%，區縣（自治縣）承擔40%。