鐘南山主持多項國家自然基金項目、國家重點項目、衛生部和省科委重點項目，13成果獲衛生部、國家教委、廣東省科委、廣州市科委獎勵。其中GD微型最大呼氣流速儀獲1980廣東省科技進步三等獎；轉基因因子研究獲廣州市科技成果壹等獎1982；哮喘和氣道高反應性獲衛生部重大科技成果三等獎1994。他拿出廣州市科技進步金鼎獎的壹半(5萬元)，用來獎勵在科研上做出成績的年輕人。1997 65438+10月15、鐘* *廣州市委授予其“模範黨員”稱號。
2003年6月19日，因抗擊非洲戰鬥中的突出表現，被廣東省委、省政府授予唯壹壹次特別立功。
2003年獲2003年度感動中國十大人物。
2004年4月8日被授予國內衛生系統最高榮譽稱號白求恩獎章。
2010 65438+2000年2月6日，鐘南山等十人因利用siRNA戰略研制防治非典特效藥的動物實驗被授予“全國十大優秀科技工作者”(廣東省科技二等獎2008年)。
慢性咳嗽的病因診斷程序、發病機制及治療研究(2008年廣州市科技進步獎)
SARS冠狀病毒滅活疫苗及相關研究(2008年廣州市科技進步獎)
建立防治結合的全科醫生培養模式，促進社區衛生服務可持續發展(2009年國家教學成果二等獎)
食道電極隔膜肌電圖觸發呼吸機通氣的方法(發明專利2008)
可同時監測胃內壓和膈肌電的裝置(實用新型2009)
肺靶向大黃素乳酸微球的制備方法及其在抗小鼠肺纖維化中的應用(發明專利2010)
臨床技術操作規範-呼吸內科分冊(2008)
呼吸醫學(2008)
甲型H1N1流感防控知識(2009年)