1979年，李樹深進入河北師範大學物理系學習 。
1983年，本科畢業後留校工作，在河北師範大學物理系任教，先後擔任助教(1983年7月-1986年8月)、講師(1989年5月-1993年8月) 。
1986年，考取西南交通大學固體物理專業碩士研究生。1989年，獲得碩士學位。
1994年，考取中國科學院半導體研究所博士研究生。1996年，獲得博士學位。曾先後在日本NEC電器株式會社築波研究所、義大利國際理論物理中心和香港科技大學物理系進行光電子器件相關性能預測研究。
2003年，獲得國家傑出青年科學基金資助 。
2006年，擔任中國科學院半導體研究所副所長、黨委副書記(至2011年) 。同年擔任國家創新研究群體"半導體低維結構中的量子調控"學術帶頭人。
2009年，擔任國家重大科學研究計畫項目(973項目)首席科學家。入選國家級"新世紀百千萬人才工程"。
2011年，當選為中國科學院院士(科學院信息技術科學部) ，11月獲得何梁何利基金科學與技術進步獎 ，12月出任中國科學院半導體研究所所長(至2018年4月)、黨委書記(2014年6月) 。
2015年11月21日，開發中國家科學院第26屆院士大會上，李樹深正式成為開發中國家科學院士，任期為2016至2018年 。
2017年12月，中國科學院官網"院領導集體"頁面更新顯示，中國科學院黨組成員李樹深同時擔任副院長壹職 。
2018年5月7日，中國科學院大學領導班子個別調整宣布會議在玉泉路校區禮堂報告廳召開，會議由中科院人事局局長孫曉明主持，會上孫曉明宣讀了院黨組的決定:李樹深同誌任中國科學院大學校長(兼，法定代表人)。
主要成就 科研成就 科研綜述李樹深主要從事半導體低維量子結構中的器件物理基礎研究。提出了研究半導體耦合量子點(環)電子態結構的壹種物理模型，理論上確定了半導體量子點可以吸收垂直入射光，發現了半導體量子點電荷量子比特真空消相幹機制，發展了電子通過半導體量子點的量子輸運數值計算方法 。
承擔項目&成果獎勵李樹深先後參加和主持國家八五、九五攀登計畫、國家重大基礎研究計畫項目(973項目)及國家自然科學基金委和中國科學院重大、重點項目多項 ，2004年、2009年和2017年三次獲國家自然科學二等獎 。
承擔項目
時間 項目名稱 項目來源 2009-2013 微納結構中的量子調制和套用探索 國家科技部重大基礎研究計畫(973)項目 2007-2010 半導體低維結構中量子調控 中國科學院與國家外國專家局創新團隊國際合作夥伴計畫項目 2006-2014 半導體低維結構中的量子調控 國家自然科學基金委創新群體基金項目成果獎勵
時間 項目名稱 獎勵名稱 來源 2004年 半導體納米結構物理性質的理論研究 國家自然科學獎二等獎，排名第二 2009年 半導體低維結構光學與輸運特性 國家自然科學獎二等獎，排名第壹 2017年 新型半導體深能級摻雜機制研究 國家自然科學獎二等獎，排名第四 論文著作截至2017年，李樹深在包括《美國科學院院刊》、《美國物理評論快報》在內的中國國內外重要學術期刊發表論文200余篇 。
代表性論著(10篇)
[1]. Shu-Shen Li and Jian-Bai Xia, Effective-mass theory for GaAs/GaAlAs quantum wires and corrugated superlattices grown on (311) oriented substrates. Phys. Rev. B50, 8602 (1994).
[2]. Shu-Shen Li , Jian-Bai Xia, Z. L. Yuan, Z. Y. Xu, Weikun Ge, Y. Wang, J. Wang, and L. L. Chang, Effective-mass theory for InAs/GaAs strained coupled quantum dots. Phys. Rev. B54, 11575 (1996).
[3]. Shu-Shen Li and Jian-Bai Xia, Intraband optical absorption in semiconductor coupled quantum dots. Phys. Rev. B55, 15 434 (1997).
[4]. Shu-Shen Li and Jian-Bai Xia, Electronic structures of InAs self-assembled quantum dot in an axial magic field. Phys. Rev. B58, 3561 (1998).
[5]. Shu-Shen Li and Jian-Bai Xia, Electronic states of InAs/GaAs quantum ring. J. Appl. Phys. 89, 3434 (2001).
[6]. Shu-Shen Li , Gui-Lu Long, Feng-Shan Bai, Song-Lin Feng, and Hou-Zhi Zheng, Quantum puting. Pro. Natl. Acad. Sci. USA, 98(21), 11847 (2001).
[7]. Shu-Shen Li , Kai Chang, Jian-Bai Xia, and Kenji Hirose, Spin-dependent transport through Cd1-xMnxTe diluted magic semiconductor quantum dots, Phys. Rev. B68, 245 306 (2003).
[8]. Shu-Shen Li , Kai Chang, and Jian-Bai Xia, Effective-mass theory for hierarchical self-assembly of GaAs/AlxGa1-xAs quantum dots, Phys. Rev. B71, 155 301 (2005).
[9]. Shu-Shen Li and Jian-Bai Xia, Asymmetric quantum-confined Stark effects of hierarchical self-assembly of GaAs / AlxGa1-xAs quantum dots, Appl. Phys. Lett. 87, 043 102 (2005).
[10]. Shu-Shen Li and Jian-Bai Xia, Electronic structures of N quantum dot molecule, Appl. Phys. Lett. 91, 092119 (2007).
人才培養2012年12月22日，中國科學院大學材料科學與光電技術學院第壹次院務會上，作為學術委員會主任的李樹深針對博士資格考試的議題談到，國科大的博士生培養應該是精英教育，博士生的質量體現了國科大和中科院的教育水平，應當推行博士生資格考試，這對於樹立學校的教育品牌非常重要 。
李樹深長期擔任中國科學院大學材料科學與光電技術學院院長和首屆本科生1412班班主任，在他的帶領下，中國科學院大學的材料學科進入ESI排名前萬分之壹，並入選首批國家壹流學科建設名單。他豐富的科教融合工作閱歷和經驗，對國科大深入推進以人才隊伍為核心的"科教融合3.0"、推動學校綜合改革，整體提升創新能力起到重要作用 。
截至2016年，李樹深壹***培養了50多名博士和多名碩士，6名博士後出站。2009年指導的博士生李彥超獲得朱李月華優秀博士生獎 。根據中國科學技術信息研究所、國家工程技術數字研究館信息、全國圖書館參考咨詢聯盟，李樹深培養學生情況如下 :
時間 題目 作者 學位 2016 二維材料光電性質的研究 楊玨晗 博士 2015 納米系統中非平衡動力學過程的量子力學計算方法研究 王峙 博士 2015 Z--型石墨烯納米帶在Si(001)表面吸附及摻雜的第壹性原理研究 李靜 博士 2015 固態量子計算體系中自鏇退相幹的理論研究 馬穩龍 博士 2014 高性能計算物理方法的開發及其套用 陳章輝 博士 2014 低維量子系統中輸運性質的研究 沈曼 博士後 2013 自洽波恩近似主方程及其在量子點輸運中的套用 劉玉 博士 2013 半導體量子點系統中的熱電效應 鄭軍 博士 2013 海森堡自鏇鏈系統中的量子關聯 蔡江濤 博士 2013 二維耦合半導體量子點陣列的電子結構計算 彭娟 博士 2013 連續零結果觀測下電子通過連續譜在量子點間的轉移 平婧 博士 2013 量子自鏇霍爾系統中輸運性質的研究 安興濤 博士後 2012 電荷量子比特的量子測量效率及退相幹的研究 葉銀 博士 2012 量子非局域性關聯的研究 文偉 博士 2012 拓撲絕緣體表面量子散射效應的理論研究 付振國 博士 2012 H2O在Be、Zr和CeO2表面吸附的第壹性原理研究 王雙喜 博士 2012 低維結構中晶格弛豫現象的研究 王子武 博士 2011 透明導電材料CuI 缺陷和摻雜特性研究 王靜 博士後 2010 納米尺度半導體器件的量子力學計算研究 姜向偉 博士 2010 低維氧化鋅半導體材料中的激子態 熊穩 博士 2010 半導體磁性摻雜和p-型摻雜的第壹性原理研究 時洪亮 博士 2010 光子晶體中量子點的自發輻射及自鏇-軌道耦合作用下的光躍遷 朱正勇 博士 2009 基於自鏇相互作用的量子邏輯門及隱形傳態 周越 博士 2009 二維體系中守恒自鏇霍爾電導的研究 劉國才 博士 2009 強磁場中二維半導體材料的磁性研究 方誠 博士 2009 激子自鏇-軌道耦合體系的物理和套用 王建偉 博士 2009 低維體系中的量子相變及其研究方法 李彥超 博士 2009 量子信息中的量子相變問題與強磁場中的緊束縛近似模型 袁子剛 博士 2009 固體中的量子糾纏和介觀體系的熱產生 周利玲 博士 2009 半導體微結構中電子的輸運性質 李春雷 博士 2009 半導體材料磁性和光學性質的第壹性原理研究 石麗潔 博士後 2008 耦合雙量子點中雜質態體系的研究 王雪峰 博士 2008 低維半導體材料中摻雜機制的第壹性原理計算 許強 博士 2008 量子點和量子環中的電子結構 王傳道 碩士 2008 TiO2納米材料的電子結構和半導體材料的鐵磁性 彭浩為 博士 2008 透明導電氧化物Cu MO2的第壹性原理研究 方誌傑 博士 2008 AlInGaN四元合金的第壹性原理研究 王飛 博士 2008 半導體和鐵電材料的第壹性原理計算 段益峰 博士 2008 半導體量子點中電子量子特性的研究 劉永輝 博士 2007 低維半導體異質結構中電子隧穿的研究 宮箭 博士後 2007 半金屬zb-CrAs和稀磁半導體(Ga，Cr)As薄膜分子束外延生長和磁性質研究 畢京鋒 博士 2007 雙層半導體體系中激子動力學研究 王莉 博士 2006 自鏇鏈和量子光學模型中量子糾纏的研究 張 *** 博士後 2006 在LOCC條件下直接探測未知量子態糾纏的方案 白彥魁 博士 2006 量子點的含時電子輸運 楊謀 博士 2006 半導體納米結構的電子結構計算 駱軍委 博士 2005 雙電子量子點的電子結構及其套用的理論研究 孫連亮 博士 2005 磁場中的垂直耦合自組織InAs/GaAs 雙量子盤的電子態研究 董慶瑞 博士 2005 量子點中強關聯電子的輸運性質 遲鋒 博士 2005 微波腔量子電動力學系統中量子糾纏的產生 金光生 博士 2005 連續變數量子信息的傳輸理論和糾纏度量 王亮 博士 2004 可擴展超導量子計算體系中的退相幹艾合買提
.阿不力孜
博士 榮譽表彰 時間 榮譽/表彰 來源 享受國務院 *** 特殊津貼 2011年 中國科學院院士(信息技術科學部) 2011年11月 何梁何利基金科學與技術進步獎 2015年11月 開發中國家科學院士 社會任職 時間 擔任職務 來源 2016年07月-2021年07月 中國科學院信息技術學部主任 2015年10月-2019年11月 中國電子學會副理事長 2009年-2013年 黃昆半導體物理科學獎(基金會)秘書長 國家自然科學基金委數理學部第11、12、14屆專家評審組成員 第7屆國家傑出青年科學基金評審委員會委員 信息學部第5、6屆專家咨詢委員會委員 科學出版社《半導體科學與技術》專著叢書編委 《半導體學報》常務副主編 《Nanoscale Research Letter》編委 《中國科學G輯:物理學 力學 天文學》中英文刊編委 《物理學進展》編委 《物理》編委 人物評價李樹深從事低維半導體物理及器件、光電子器件性能預測、固態量子信息等物理基礎研究，他的研究工作被國際同行廣泛引用，其中包括國際著名半導體物理專家的綜述性論文，並被寫入專著 。(蘭州大學評)