紅樹林是中國保護物種，近10多年來，先後建立了國家級(3個)、省級(4個)、縣級(8個)紅樹林保護區15個，並制訂了相應的保護法律法規。然而，得到10多種國家和地方法律、法規保護的紅樹林並沒幸免刀俎之災。近40年來，特別是最近10多年來，由於圍海造地、圍海養殖、砍伐等人為因素，紅樹林面積由40年前的4.2萬公頃減少到1.46萬公頃，不及世界紅樹林面積1700萬公頃的千分之壹，而且大部分保留在雷州半島。特別是在《海洋環境保護法》和《國家海域使用管理暫行規定》頒布實施多年的今天，有些人無視國家法規，急功近利，仍然在大片地砍伐紅樹林，包括幾個國家級紅樹林自然保護區都遭到不同程度的砍伐破壞，其中尤以廣西自治區砍伐紅樹林為甚。全區原有紅樹林22387公頃，到1993年僅剩5654公頃。據不完全統計，廣西近幾年己砍伐和己列入填海造地規劃的(已批準)即將砍伐的紅樹林將達近1000公頃。
已列入《中國濕地名錄》，國家保護的重要濕地之壹的福建龍海紅樹林保護區內，1998年龍海市政府未經保護區主管部門批準，將上馬壹頂耗資2500萬元的圍墾工程，圍墾面積460公頃(6900畝)用於搞養殖，將危及33多公頃(490多畝)紅樹林的成活。
2002年，廣東湛江紅樹林國家級自然保護區被拉姆薩公約組織列為國際重要濕地
廈門西海域，80年代在東渡等海域仍有成片紅樹林，隨著這幾年的圍海造地的不斷擴大而消失。 廣東深圳福田國家級紅樹林鳥類自然保護區。自1988年以來，深圳城市建設就有8項工程占用福田紅樹林鳥類保護區紅線範圍內土地面積達147公頃(2200畝)，占原整個保護區面積的48.8%，***毀掉茂密紅樹林35公頃(526畝)，占原紅樹面積的31.6%。
紅樹林鳥類自然保護區位於深圳灣北東岸深圳河口，面積368公頃，是中國唯壹位於市區， 面積最小的自然保護區，也被國外生態專家稱為“袖珍型的保護區”。每年有白琴鷺、黑嘴鷗、小青腳鷸等 189種、上10萬只侯鳥南遷於此歇腳或過冬。保護區內除紅樹林植物群落外，還有其他55種植物，千姿百態。它是深圳市區內的壹條綠色長廊，背靠美麗 寬廣的濱海大道，與濱海生態公園連城壹體，面向碧波蕩漾的深圳灣，不僅是鳥類棲息嬉戲的天堂、植物的王國，也是人們踏青、賞鳥、觀海、體驗自然風情的好去處。
1984年，深圳福田紅樹林保護區正式創建，當時的總面積為304公頃。只有壹條老路通到這裏，當地的漁民在這裏利用沿襲下來的基圍魚塘養魚，然後就是大片大片的天然紅樹林、果園和其他天然林。1986年，世界野生生物（國際）基金會主席、英女王的丈夫菲利普親王，在英女王訪華時，特意南下深圳，登上紅樹林的觀鳥亭，飽覽深圳灣濕地風光。丹麥野生生物基金會主席、丹麥女王的丈夫亨裏克親王也曾於1989年，興致勃勃地到此觀鳥，並將紅樹林稱為“綠色明珠”。
深圳紅樹林可以說是盛名遠播，現在來深圳的海內外遊客，都要去海濱生態公園看看沿海岸逶迤的紅樹林、在此越冬的數萬只水鳥翔集的壯觀場面。紅樹林與香港米埔自然保護區壹水相隔，***同構成了具有國際意義的深圳灣濕地生態系統，也成為深港邊界上最具特色的風景線。
廣東珠海紅樹林：主要分布淇澳島、橫琴島和紅旗西堤、磨刀門和雞啼門水道出海口附近堤岸，其中，位於淇澳島西北部大圍灣的淇澳紅樹林保護區面積最大，是目前該市保存最完整、最集中連片的林分，樹高4-6米。它不僅是珠海市的珍稀資源，也是珠江三角洲不可多得的壹片紅樹林濕地，同時是全國少有的緊靠大城市的紅樹林區之壹。
海南東寨港國家級紅樹林自然保護區：海南省文昌市鋪前鎮約6公裏長的沿海岸線上，67多公頃(1000多畝)的紅樹林區已全面挖塘養殖，近半數的紅樹林遭受嚴重破壞。海南東寨港國家級紅樹林自然保護區，總面積3300多公頃(5萬多畝)，有林面積2000多公頃(3萬多畝)，列入《世界濕地名錄》。但從1993年以來，不斷有群眾進入保護區砍紅樹、挖塘搞養殖，大片大片的紅樹林區成為荒蕪的水泥塘。
廣東湛江紅樹林國家級自然保護區：位於廣東省湛江市境內，面積1.9萬公頃，1990年經廣東省人民政府批準建立，1997年晉升為國家級自然保護區，核心保護區高橋紅樹林保護區為中國最大的紅樹林連片生長基地，主要保護對象為紅樹林生態系統。 該區地處雷州半島，受熱帶海洋氣候的影響，沿海灘塗上分布著較大面積的紅樹林植被，其中紅樹植物有12科、16屬、17種，是除海南島外中國紅樹植物種類最多的地區。 此外，保護區內擁有數量和種類眾多的鶴類、鸛類、鷺類等水禽及其它濕地動物，據初步統計，僅鳥類就有82種，其中留鳥38種、候鳥44種。湛江紅樹林保護區作為中國現存紅樹林面積最大的壹個自然保護區，在控制海岸侵蝕、保持水土和保護生物多樣性等方面發揮著越來越重要的作用。
廣西山口紅樹林國家級保護區：山口國家紅樹林生態自然保護區是1990年9月經國務院批準建立的中國首批(5個)國家級海洋類型保護區之壹，1993年加入中國人與生物圈，1994年被列為中國重要濕地，1997年5月與美國佛羅裏達州魯克利灣國家河口研究保護區建立姐妹保護區關系，2000年1月加入聯合國教科文組織世界生物圈，2002年被列入國際重要濕地。
山口紅樹林生態保護區地處亞熱帶，位於廣西北海市合浦縣沙田半島東西兩側，海岸線總50公裏，總面積8000平方公裏，是中國第二個國家級的紅樹林自然保護區
海南省清瀾港紅樹林保護區：
世界海拔最低的森林，也是保護最為完整的紅樹林。
該保護區中心位置地理坐標位19°33’N，110°49’E，地處文昌市的清瀾港沿岸壹帶。保護面積達2948ha，有林面積達2732ha。管轄範圍包括馮家港、鋪前港等。該保護區於1981年批建，原為縣級，後已升格為省級自然保護區。保護區設管理站，位於頭宛村。該保護區的總保護面積雖然不及東寨港保護區，但林木面積大，而且樹林年齡長，許多林相顯示了原生林的特征。如有海蓮林樹齡達百年以上，調查中有的胸徑達1．2m，林內結構復雜，有不少附生植物和藤本植物飛架其間。保護區範圍內除了有同東寨港基本相同的紅樹植物種類外，還有獨特的成片正紅樹(Rhizophora Apiculata)林子，沿著霞村的岸邊形成雄偉的景觀。木果核在這裏可以看到小片的群落。木果襪的蛇狀呼吸根在這裏有典型的表現。海桑屬的4個種，即海桑、杯尊海桑、大葉海桑和海南海桑在這裏都有自然分布，其筍狀呼吸根形成這些種類的明顯待色。小花老鼠勒在東寨港自然群落中並不多見，而在該保護區的潮溝灘塗林緣卻常見它與其他紅樹植物伴生。海芒果、海漆等紅樹植物也較東寨港的自然群落中容易發現。顯然這裏的種類多樣性優於東寨港，具有較優勢的典型性和稀有性，因而具有較大的潛在的科研意義。
福建漳江口紅樹林國家級自然保護區
福建漳江口紅樹林國家級自然保護區（簡稱漳江口保護區）位於福建省漳州市雲霄縣漳江入海口。最近城鎮為雲霄縣城，位於濕地以西10km，東北向距離廈門約85km。主要保護對象以紅樹林濕地生態系統、瀕危野生動植物物種、東南沿海水產種質資源為主。主要濕地類型有紅樹林、灘塗、水域或組成的河口濕地等。符合《濕地公約》國際重要濕地指定標準的 1、2、3、8。保護區於 1992 年元月成立，1997 年 7月經福建省人民政府批準為省級自然保護區，2003 年 6 月經國務院批準升格為國家級自然保護區，2008 年被列入《國際重要濕地名錄》 。
漳江口保護區內植被類型分為紅樹林、濱海鹽沼、濱海沙生植被3 個植被型，有白骨壤林等 13 個群系，有秋茄—老鼠 等 22個群叢。區內有維管束植物 224 種，有紅樹植物 5 科 6 屬 6 種，鹽沼植物 16 科27 屬 29 種 1 變種，濱海植物 59 科152 屬 184 種。區內營養豐富，從而微生物資源豐富，有微生物 12 科 27 屬 45種，與陸地生境的微生物數量比較，紅樹林土壤細菌數量高於壹般陸地生境，而土壤放線菌、真菌數量較少是漳江口紅樹林國家級自然保護區土壤微生物數量分布的主要特征。
漳江口保護區已查明野生脊椎動物*** 359 種，其中哺乳動物 9科 14 種，鳥類 38科154種，爬行類 11 科 37 種，兩棲類 5科 13種，魚類 141 種。列入國家壹級重點保護的動物有中華白海豚和緬甸蟒蛇2種， 列入國家二級重點保護的動物有寬吻海豚、 黃嘴白鷺、小杓鷸、小青腳鷸、綠海龜、棱皮龜、太平洋麗龜、虎紋蛙等 19 種。省級重點保護動物 24種。保護區鳥類中具有眾多的雙邊國際性協定保護的候鳥，其中中日候鳥保護協定保護的鳥類 77 種、中澳候鳥保護協定保護的鳥類 41種。保護區紅樹林區潮間帶底棲動物 28 種。潮下帶底棲生物 181 種。海區浮遊植物 201 種，其中矽藻 165 種。浮遊動物 180種，其中水母類 59 種，橈足類 71 種。
漳江口保護區位於臺風多發區，1955 ～ 1980 年間影響雲霄的臺風達 150次， 年平均臺風影響 5.8 次。紅樹林濕地是該區域的保護者，在穩固海岸、抵抗臺風侵蝕方面有重要作用。 中國的紅樹林遭受如此嚴重的圍墾砍伐破壞，而且還在繼續遭受破壞，除了少數破壞紅樹林事件是由於管理不嚴，被群眾的圍墾養殖等活動破壞外，大量的還是當地政府的行為。這就不能簡單地用環保意識差、對紅樹林生態系的重要性缺乏認識、或法制觀念不強等原因來解釋。而是有更深刻的原因-急功近利，經濟利益的驅動。因此，只有提高《國家海域使用管理暫行規定》的法律地位，使我們的藍色國土海洋也同陸域土地壹樣具有同樣的法律地位，才能有效地控制灘塗海域“無法、無償、無序”的開發使用狀態，才能更有效地保護包括紅樹林在內的灘塗和海洋資源環境。
紅樹林保護區的汙染
原始生態環境遭到多種人類活動的破壞
站在深圳灣畔的紅樹林海濱生態公園可以直接遠眺香港，這被譽為深圳中心“綠肺”的濕地公園吸引了無數遊客，但卻面臨著滅頂之災。深圳灣水質發黑，時時有臭氣和腥氣撲面而來，岸邊的紅樹林沒有幾年前的茂密。據專家調研結果表明，近20年來，紅樹林面積減少了壹半，而這種威脅繼續存在，包括因為中標方案更叠而爭執不休將要開工的深圳灣體育中心。
紅樹林正受到多種威脅
位於深圳市福田區的深圳灣畔紅樹林，與拉姆薩爾國際重要濕地———香港米埔自然保護區壹水相隔（最近距離僅僅300米），與深圳中心區相距2.2公裏，總面積為367.64公頃，是中國面積最小的國家級森林和野生動物類型的自然保護區，也是世界上唯壹的城市中心區內的紅樹林生態濕地，被國內外生態專家稱為海上“綠色瑰寶”。
2006年深圳市委辦公廳專門組織對深圳紅樹林濕地現狀及保護進行了壹次深入調研，調研的結果顯示，由於開發房地產、修建工廠、道路以及圍墾養殖等原因，不斷減少紅樹林濕地面積。目前，此處及附近50米以上的高層建築林立，已經迫使上沙、下沙壹帶的群鳥活動區域，不得不移至車公廟、濱海生態公園壹帶。
此外，對該自然保護區的威脅還有嚴重的水汙染。由於受到工業廢水和生活汙水影響，深圳灣紅樹林灘塗處於中度以上汙染狀態，已經嚴重影響到底棲生物和鳥類的生存，而紅樹林內的銅等重金屬含量，均超出國家海洋水質V類標準。
紅樹林的原始生態環境也遭到人類活動的破壞，如穿越保護區中心的鳳塘河河岸硬質化及水體汙染；保護區內野生紅樹林與人工養殖場雜亂***存；邊防巡邏道貫穿保護區等。這都造成了嚴重的生態阻隔，使保護區內鳥類珍稀品種逐漸減少，紅樹林蟲害頻發，外來物種入侵。
深圳灣應嚴控圍或填海
加強對紅樹林的保護和修復勢在必行。應該在福田紅樹林保護區總體規劃指導下，加快福田鳳塘河口紅樹林修復示範區項目建設等，同時，加強深港兩地合作，建立與香港米埔自然保護區的區域合作關系，進壹步提升紅樹林自然保護區的國際地位，達成互利互助保護福田紅樹林自然保護區的***識及措施。
深圳灣是上天恩賜給深圳的禮物，如果無視海水的交換度容忍度再繼續填下去，可能填了它的壹半，它那另壹半就會加速消亡，深圳灣會變成死灣臭泥潭，那我們對子孫後代的罪過就大了。
其余海域應劃為嚴控圍、填海的海域；赤灣港區（完成護堤後），蛇口港區的海堤亦不宜再向海擴伸，以穩定深圳灣的納潮量，有利於港口、港池、航道的沖淤和汙染物的擴散稀釋。