、吳彤、曾。《自組織哲學》，北京:中央黨校出版社。
魏，曾。系統理論-系統科學哲學。北京；清華大學出版社，1995。
曾郭萍。自組織的自然觀。北京:北京大學出版社，1996。
胡，曾編輯。科學技術導論。北京:高等教育出版社，1998。
李正峰，曾。中國創新系統研究--技術、制度與知識。濟南:山東教育出版社，1999。
曾、李正峰主編。世界各地的創新系統-知識的生產、傳播和利用。濟南:山東教育出版社，1999。
胡、杜祖義、曾。國家創新體系與學術評價--學術國際化與自治。濟南:山東教育出版社，2000。
李正峰、曾主編。邁向跨國創新體系--創新體系理論與歐盟實踐。濟南:山東教育出版社，2001。
曾，李正峰，段偉文，等。網絡空間的哲學探索。北京清華大學出版社2002。
曾，副主編，《自然辯證法概論》。北京:高等教育出版社，2004(教育部社會科學研究與思想政治工作司主編，黃順基主編，陳啟榮、曾主編)
翻譯:
米（meter的縮寫））艾根·舒斯特爾。超循環理論。反式。曾和。上海:上海譯文出版社，1990。
埃裏克·詹奇。自組織宇宙學。反式。曾、宋、等。北京:中國社會科學出版社，1992。
克勞斯·梅澤爾。在復雜性中思考--物質、精神和人的復雜動力學。反式。曾郭萍。北京:中央編譯出版社，1999。
克林頓，戈爾。國家利益中的科學。反式。曾和王普生。北京:科技文獻出版社，1999。
季曼。技術創新進化論。由孫和曾翻譯。上海:上海科技教育出版社，2002。
季曼。真正的科學——它是什麽，它意味著什麽。反式。曾、、張。上海:上海科技教育出版社。
(2)叢書(包括科普)
曾副總編輯。中國兒童與自然百科全書。浙江:浙江教育出版社，1990。
曾主編。新視野系列(兩個系列***15)。濟南:山東教育出版社，1995-1996。
曾主持。三思圖書館網絡文化系列(4冊)。南昌:江西教育出版社，1999。
曾主編。《科教興國》譯本(6卷)。北京:科技文獻出版社，1999。
曾，副主編。創新研究系列(6本)。濟南:山東教育出版社，1999-2001。
(3)文學類
在《中國社會科學》、《哲學動態》、《自然辯證法研究》、《自然辯證法通訊》、《科學學研究》、《中國軟科學》等核心期刊發表論文約50篇，以及其他多篇論文和文章。
在《高教與工業》、《中國評論》、《港臺期刊》等國外期刊和國際學術會議上發表多篇論文。(壹)科技哲學項目
1.承擔國家社科基金項目“20世紀科學思想的演變與唯物辯證法的若幹問題”(1993-1996)。
2.承擔完成國家社科基金項目“網絡空間的壹些哲學文化問題”(1998-2001)。
3.作為第壹負責人承擔完成教育部十五基金項目(01JA720028)。當代科技發展與馬克思主義哲學(2002-2007)。
4.承擔教育部重大社科研究項目:“網絡思想政治教育研究”(張再興負責)、“網絡環境下主客體關系與網絡思想教育”(子項目)(2003-2007)。
5.承擔北京市社會科學理論著作出版基金“馬克思主義體系的堅持、發展與創新研究”(黃楠森負責)資助的“20世紀科學技術與馬克思主義哲學的發展”(子項目)，2009年完成。
6.馬工程項目“馬克思主義哲學經典著作概論”課題組主要成員(2009-2011)
7.馬工程項目科技哲學研究組主要成員(2009-2011)
(二)科技與社會、科技戰略和科技創新項目。
8.承擔清華大學與香港中文大學合作項目“學術國際化與自主性關系研究”(1998-2001)。
9.作為第壹負責人，承擔完成國家軟科學項目“我國基礎研究人才隊伍建設戰略研究”(1999-2001)。
10.承擔國家自然科學基金軟文項目“科學基金促進知識創新與技術創新結合的機制、途徑與對策研究”(2000-2002)。
11.承擔國家社科基金重點項目(03AZX004)，《知識資本全球化與中國科技創新的若幹理論問題》(2003-)
12.通過完成中國科協科學專項基金(2005-2008)，承擔公民科學素質建設的理論和實踐研究。
13.承擔完成國家自然科學基金(專項基金)項目；70641009):現階段我國基礎研究投入協調機制研究，(2006 -2007)
14.北京市昌平區發展和改革委員會，昌平文化產業對策研究，2006。
15.承擔完成清華大學(大學STS中心)與東京大學(東京大學高等科學技術研究中心)合作項目:中國IT創新研究項目，(2006-2007)。
16.承擔完成中國科協科普項目和國家科學素質行動計劃監測評估體系研究工作計劃，(2006-2007.2)
17.承擔完成中國科協科普資助項目(07060108)《科普與文化產業結合研究》(200708-200901)。
18.承擔科技部辦公廳研究室、國家軟科學研究計劃與自主創新支撐體系、中國科學技術促進發展研究中心(項目主要承擔單位)軟科學研究(子項目)，項目編號:2006DGS1K013-2，(2008-2010)。
19.承擔完成歐盟第七框架計劃項目(子項目)，ICT標準形成過程的比較研究(2008-2010)(歐共體框架7方案，“中國歐盟標準:中國歐盟信息技術標準研究夥伴關系(2007-2009))。
20.承擔中國科學技術發展戰略研究院委托的“軟科學研究項目”:西部制造業科普與自主創新戰略研究(2008-2009)
21.承擔完成《海澱園和中關村科技園區內生增長機制研究》(2008-2009)
22.承擔完成科研誠信建設專項，對國家科研項目承擔單位科研誠信建設狀況進行典型調查，(2007-2008年)
23.承擔完成清華大學？野村綜合研究所中國研究中心，中日科學政策與知識產權戰略比較研究，200811-200903。
24.承擔清華大學與東京大學合作項目(東京大學先進科學技術研究中心)，中國創業與創新研究項目(2009)
25.承擔科技部政策法規和體制改革司的國際科技合作知識產權管理調查工作，(200901-200912)
26.承擔深圳市科技計劃項目(軟科學研究項目)國際比較研究，創建國家創新型城市，(200906-201005)
27.承擔深圳市知識產權專項基金項目，構建深圳市專利應急預警可視化分析平臺，(2009-2010)
28.承擔深圳市南山區知識產權子項目資金，建設深圳市南山區科技創新專利信息分析平臺，(2009-2010)
29.承擔國家發展和改革委員會關於建設創新型國家的研究，(2009-2010)
30.承擔深圳市發展和改革委員會，研究深圳在後危機時代抓住戰略機遇、搶占經濟發展制高點的策略，(2010)
31.承擔中國科協科研項目《新時期我國科技發展道路與模式研究》，(2010-2011)
承擔並參與其他課題，合編《開創復雜性研究新學科》1994獲第三屆北京市社會科學優秀成果二等獎。
合著《系統論-系統科學哲學》1996獲第四屆北京市社會科學優秀成果二等獎。
個人作品《自組織的自然觀》1998獲第五屆北京市社會科學優秀成果壹等獎。
合著《中國創新體系研究》獲2000年第六屆北京市社會科學優秀成果二等獎。
合編《科學技術概論》獲2000年第六屆北京市社會科學優秀成果二等獎。