基金項目的立項、遴選和管理工作須遵循"依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理"的原則和"平等競爭、科學民主、激勵創新"的運行機制，執行回避和保密的有關規定，接受科技界和社會的監督。
基金項目實行課題制管理，根據項目類型、規模以及管理工作的實際需要，實行成本補償式和定額補助式兩種資助方式。項目資助經費的管理和使用必須符合國家和自然科學基金委的有關財政、財務制度。
課題項目，即科研項目，即開展科學技術研究的壹系列獨特的、復雜的並相互關聯的活動，這些活動有著壹個明確的目標或目的，必須在特定的時間、課題研究預算、資源限定內，依據規範完成。
國家自然科學基金面向全國，是國家創新體系的重要組成部分，主要資助自然科學基礎研究和部分應用研究，重點支持具有良好研究條件、研究實力的高等院校中和科研機構中的研究人員，由國家自然科學基金委員會（以下簡稱自然科學基金委）負責實施與管理。
項目是指事物被劃分的類別或由幾個相互關聯的課題組成的復雜而全面的科研問題。
主題和項目之間既有區別又有聯系。壹方面，課題是科學研究最基本的單元，課題的有機結合形成項目；另壹方面，主題和項目的劃分標準也是相對的。對於某個研究者或研究組來說，也有可能從單個課題開始，深化形成壹系列課題，然後形成壹個項目，或者在承擔壹個課題之後，再分成幾個課題逐壹研究，最後取得很大的突破。