他的祖先是雍正的兒子，乾隆的弟弟。但是到了啟功的高祖父這壹代，因不是正室生的嫡系長子而列入旁支，從而跟著當側室的母親搬出了王府。當啟功的高祖父死後，曾祖父已成為所謂的“強幹弱枝”，以教書度日。由於不甘居人下，他發憤讀書，應考科舉，由舉人、進士到翰林，最後當了禮部尚書。啟功的祖父仍舊走這條道，最終也做了“主考”，當了“學政”。可是啟功的父親未踏入仕途便於十九歲過早地夭亡，當時啟功剛滿周歲。在祖父關愛下啟功才得以上學念書。其祖父的老門生戴遂之，堪稱是知恩圖報的老夫子。他親自為少年啟功講授文史，竭盡全力要讓他繼承其教育世家的衣缽。啟功當時想：“妳供我上學，可我母親和壹個沒有出嫁的姑姑誰管呢？再說我總不能老靠別人的資助過日子吧？”於是他央求戴老先生說：“我想謀個職業，哪怕壹月掙個二三十元，也好奉養母親和姑姑。”啟功明白自己是徹底“被遺棄的貴族後裔”，那何不隱其姓，先解決生計再圖發展？開朗樂觀的他便獨創“啟”姓，自當“始祖”了。
1933年啟功中學畢業。基於家學的淵源，又得到祖父門生的刻意指點和悉心培養，啟功在古典詩詞和經史辭章方面便脫穎而出了。這時祖父的壹位老世交傅增湘先生把啟功舉薦給了卓越的史學家和教育家陳垣。陳垣對學生情誼之純，之真，之深，使啟功終生難忘。他曾動情地回憶道：“我從21歲起得識陳垣先生，直到他去世。受陳老師教導，經歷近四十年。”為報此恩，耄耋之年的啟功嘔心瀝血伏案三年，創作了上百幅書畫作品。在陳垣先生誕生壹百二十周年之際，他以在香港義賣所得的壹百六十三萬元人民幣設立了“北京師範大學勵耘獎學助學基金”。基金以“勵耘”命名，是因為老校長陳垣生前曾吟詩雲：“老夫也是農家子，書屋於今號勵耘。”陳垣久居此屋，勵耘書屋由此得名。啟功了了報答師恩的夙願，趙樸初先生題詩贊曰：“輸肝折齒勵耕耘，此日逾知師道尊。萬翼垂天鸞鳳起，千秋不倦誨人心。”