1、組織評價的單位不同
中國科學技術信息研究所出版的“中國科技論文統計源期刊”，又稱“中國科技核心期刊”，學科範疇主要為自然科學領域，是目前國內比較公認的科技統計源期刊目錄。受科技部委托，權威性名列國內首位。
中文核心期刊是北京大學圖書館聯合眾多學術界權威專家鑒定，目前受到了學術界的廣泛認同。從影響力來講，其等級屬同類劃分中較權威的壹種，是除南大核心、中國科學引文數據庫（cscd）以外學術影響力最權威的壹種。
2、評選方法不同
根據來源期刊的引文數據，進行規範化處理，計算各種期刊總被引頻次、影響因子、即年指標、被引半衰期、論文地區分布數、基金論文數和自引總引比等項科技期刊評價指標，並按照期刊的所屬學科、影響因子、總被引頻次和期刊字順分別進行排序。
核心期刊定量評價，采用了被索量、被摘量、被引量、他引量、被摘率、影響因子、被國內外重要檢索工具收錄、基金論文比、Web下載量等9個評價指標，選作評價指標統計源的數據庫及文摘刊物達60余種，統計文獻量達221177余萬篇次（2006至2008年），涉及期刊14400余種。
3、領域不同
中文核心：《中文核心期刊目錄總覽》由北京大學圖書館和北京高校圖書館期刊工作研究會主持。包括各個學科領域。
中國科技核心：中國科學技術信息研究所出版的“中國科技論文統計源期刊”，又稱“中國科技核心期刊”，學科範疇主要為自然科學領域，是目前國內比較公認的科技統計源期刊目錄。因其受科技部委托，帶有官方色彩，權威性名列國內首位。
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