新建的中藥新復方開發國家工程研究中心和北京同仁堂研究院是國家發改委批準的首批四個中藥領域國家工程中心之壹，是科研機構與企業有機結合的典範。由中國中醫科學院、北京同仁堂(集團)有限公司、北京華宇安冉醫藥科技有限公司、哈爾濱慈航制藥有限公司共同組建，專註於中藥復方新藥研發。為進壹步整合企業內外部科技資源，充分發揮中國中醫科學院和北京在科研、醫療、人才方面的優勢，以及同仁堂在品牌和市場方面的影響力，同仁堂在北京的全力推動下，組建了北京同仁堂研究院，下設兩個研究所和壹個博士後工作站及工程中心，構建了同仁堂集團科技創新體系。實現了北京中醫藥科技資源與產業資本的有效對接。它將以科研為驅動，以市場為導向，以企業為基礎，開發、研究、創新，形成科研成果轉化為產品的完整R&D體系。
同仁堂研究院總投資1億元，建築面積1.6萬平方米，研究主樓共四層，其中壹層為同仁堂中試車間(多劑量試驗生產中心)；二樓是同仁堂研究院藥學部和博士後研究中心；三樓為中藥新藥(復方)開發國家工程研究中心(北京中研同仁堂藥業R&D有限公司)，包括現代植物化學實驗室、普通制劑實驗室、經皮給藥實驗室、儀器分析室、藥理實驗室；四樓是按照GLP要求設計的實驗動物室、新藥臨床實驗室、中藥研發信息實驗室、培訓中心、會議室、學術報告廳。