5438年6月至2008年10月，圖書館隨全校搬遷至臨港新城湖城環路999號，原龔俊路校區和雪海路校區圖書館再次合並。新圖書館所在的圖文信息中心是校園內最高的標誌性建築，位於校園的中心區域，不僅為全校師生使用圖書館提供了方便，而且具有江南書院“古樸典雅，典雅高貴”的建築風格，具有濃厚的書香氣息。新樓位於圖文信息中心壹至六層，總面積20000多平方米。采用借用與教學、學生相結合的服務模式，借用面積8000平方米。圖書館由五個部門組成:辦公室、資源建設部、借閱部、信息咨詢部和讀者服務部。
新館采用廣州圖創計算機軟件開發有限公司開發的Interlib圖書館管理系統進行日常工作管理。隨著學校規模的不斷擴大，我館不僅堅持以水產科學文獻為辦學特色，還兼顧其他學科，高度重視數字文獻資源的收集。目前國內外已有十余個全文數據庫，兩個電子書數據庫。讀者可以在校園網中免費使用這些數據庫。