公元前，長江大量泥沙沈積在長江口，形成大小不壹的沙洲。經過大約800年的春秋，到了唐末，出現了東洲和步洲兩個沙洲，以及成群的小沙洲，逐漸連接起來。五代以後，周顯德五年(958)設縣，郡址東周鎮，名海門郡。隨著長江主航道北移，到明朝中期，境內大片土地塌陷到呂四、魚洞、四甲壹線，縣治遷至徐建(今南桐縣任新)。並廢縣並入通州，建靜海鄉。清初，江水南流，長江北岸開始堆積，新沙四十余起，綿延百余裏。乾隆三十三年(1768)，設立江蘇省直隸廳，設在毛家鎮。民國元年(1912)改稱海門縣，1949。新中國成立後，海門人護坡治崩。海門縣屬於蘇北行政區南通區(江蘇省南通區1953，江蘇省南通區4月1955，江蘇省南通區4月1971)。1983年，市管縣，南通地區廢。海門縣劃歸江蘇省南通市。
1994年6月撤縣設市，設立海門市。劃歸江蘇省南通市，市人民政府駐海門鎮。
2000年，海門轄18鎮4鄉。根據第五次人口普查數據，全市總人口為942952人。其中:海門鎮139713三星鎮37315田埠鎮32333三河鎮31061德勝鎮45881三場鎮82318長樂鎮46863麒麟鎮30707悅來鎮50528。29429四甲鎮51980活龍鎮29774魚洞鎮28309於正鎮33732常寶鎮51150劉浩鎮48571東竈港鎮31821海永鄉4813臨江鄉。31樹勛鄉30336海門經濟技術開發區虛擬鄉17285江心沙農場虛擬鄉5904海門棉種場虛擬鄉2483海門港虛擬鄉435