有的中小企業覺得“信息化是高科技技術，對中小企業來說太奢侈了”，有的企業覺得“信息化太貴，是企業的沈重負擔。”甚至有大量的中小企業覺得“企業沒有信息系統照樣可以做得很好”。
第二，軟件選型是個難題。
對於軟件選型，企業前期需要咨詢專業的信息化人員，明確自身企業的信息化需求，對產品的品牌、規模、專業程度、服務能力、現有客戶、價格等進行比較，選擇適合自身企業的產品。
第三，信息系統的實施充滿艱辛。
信息系統的實施是壹項周期長、風險高、覆蓋面廣的系統工程，實施過程中會投入大量的人力、物力和財力。壹般信息系統項目的開發周期最少要半年，最長要兩到三年。信息化的巨大投入體現在系統運行後需要持續的投入和壹筆維護費。實施過程復雜，涉及面廣，主要是信息系統建設需要整合資源，涉及大量內部數據處理。所以，沒有相對高的戰略眼光，信息化建設將無法應對未來的變數。
第四，領導不重視信息化
信息系統是壹個需要實施和維護的系統。沒有管理，會制約企業，影響辦公效率。這樣壹來，企業在信息化上投入了大量的前期資金，卻沒有看到效益的提升，企業決策者也就不那麽重視了，這就形成了惡性循環。
五、缺乏信息技術人才
信息技術人才遠遠不能滿足企業的需求。