第十八條各級衛生行政部門應當按照國家有關規定將統計資料納入檔案管理。部、省數據中心的數據要求長期保存和備份，縣(區、市)衛生局應將基層單位上報的電子或紙質數據保存3年。
第十九條數據字典是國家衛生統計調查體系規定的統計分類標準，不得擅自變更。省級直報平臺可以增加地方統計調查制度規定的統計分類標準，但不得與部頒標準相沖突。
行政區劃代碼是系統組織架構和用戶管理的基礎，除省系統管理員外，其他人員無權修改。為保證系統的穩定性，行政區劃代碼每年更新壹次，即前壹年完成直報任務使用原代碼，下壹年使用變更後的代碼。
第二十條省級衛生行政部門應制定用戶管理制度，加強賬戶安全管理。直報系統用戶(系統管理員和數據管理員)應向上級衛生行政部門申報備案，內容包括姓名、工作單位、職務和聯系電話。各單位的系統管理員和數據管理員要相對穩定，更換人員不需要改賬號，但需要改密碼。運營商不得泄露或轉讓用戶賬號和密碼，如密碼被盜，應立即更改密碼並向上級主管部門報告。