在財政縱向補償方面，《生態保護補償條例》壹方面以法律法規的形式穩定生態保護投入，另壹方面強化區域主體功能，將部分重點生態功能區和自然保護區納入中央財政補償範圍。
在區域間的橫向補償方面，重點是加強區域治理的聯動，編織保護合作網絡。《生態保護補償條例》堅持問題導向，聚焦補償協議簽訂、協議履行、爭議解決等核心問題和關鍵環節。
在市場機制補償方面，《生態保護補償條例》明確提出了政府搭建平臺、社會參與、市場運作的補償路徑。通過推動資源環境權益交易、促進生態產業發展、建立市場化生態保護補償基金等多元化方式，調動和聚集各方力量，實現生態產品需求和供給的精準對接，提高生態產品價值。