專用基金結余是各級總預算會計管理的專用基金收入和支出年終相抵後的差額，是財政三項結余的壹種，屬於各級財政部門的凈資產。年終轉賬時，財政部門會將全年的專用基金收入科目期末貸方余額轉入專用基金結余科目貸方，同時將全年的專用基金支出科目期末借方余額轉入專用基金結余科目借方。