主要來源於五個方面。《證券交易所風險基金管理暫行辦法》第２ 條規定，本辦法所稱證券交易所風險基金（ 以下簡稱本基金） 是指用於彌補證券交易所重大經濟損失，防範與證券交易所業務活動有關的重大風險事故，以保證證券交易活動正常進行而設立的專項基金。
第３ 條規定，本基金來源：（１）按證券交易所收取交易經手費的２０％ 提取，作為風險基金單獨列賬； （２） 按證券交易所收取席位年費的１０％提取，作為風險基金單獨列賬；（３）按證券交易所收取會員費１０％ 的比例壹次性提取，作為風險基金單獨列賬；（４） 按本辦法施行之日新股申購凍結資金利差賬面余額的１５％ 壹次性提取；（５）對違規會員的罰款、罰息收入。