國家自然科學基金委員會是科技部管理的部門。
2018年，根據黨的十九屆三中全會審議通過的《深化黨和國家機構改革方案》、第十三屆全國人民代表大會第壹次會議審議批準的《國務院機構改革方案》有關精神：國家自然科學基金委員會由原國務院直屬事業單位，改為由科學技術部管理的事業單位（副部級）。
20世紀80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士(學部委員)致函黨中央、國務院，建議借鑒國際成功經驗，設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。隨後，在小平同誌的親切關懷下，國務院於1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會（簡稱“自然科學基金委”）。
國家自然科學基金委員會是管理國家自然科學基金的事業單位（副部級）? 。根據國家發展科學技術的方針、政策和規劃，有效運用國家自然科學基金，支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用，發現和培養科學技術人才，促進科學技術進步和經濟社會協調發展。
參考自：自然科學基金委員會-百度百科